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采用二代测序与三代测序相结合的策略，快速完成真菌基因组的测序。
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真菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序，样品基因组测序后从头开始组装。对于真菌样品，由于基因组较大且比较复杂，推荐先对真菌样品进行初级组装，再根据初级组装的结果进行高级组装，以提高组装质量。根据组装结果，可预测真菌基因组中包含的基因，通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。真菌基因组测序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的应用。
根据不同的研究目的与需求，以及不同的组装程度需求，真菌基因组测序提供以下两种产品类型：真菌框架图、真菌精细图。
生物信息分析内容
1、数据质控
2、Denovo组装
3、基因组组分分析（基因预测、重复序列、非编码RNA）
4、基因功能注释（COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot）
5、致病性分析（分泌蛋白预测、PHI、细胞色素P450、CAZy）
6、比较基因组分析（共线性分析、Core-pan分析、进化分析）
技术参数
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产品类型 |
测序平台 |
测序深度 |
建库策略 |
指标 |
项目周期 |
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真菌框架图 |
HiSeq PE150 |
≥100X |
小片段文库（350bp） |
初级组装 |
30个工作日 |
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真菌精细图 |
PacBio为主，与HiSeq等其他平台结合 |
小片段文库（350bp）≥100X 大片段文库（10K）≥100X |
小片段文库（350bp）+ 大片段文库（10K） |
简单基因组，Scaffold N50≥500K 复杂基因组，Scaffold N50≥300K |
60个工作日 |
送样要求
样本类型：基因组DNA
样本要求：
DNA小片段文库：总量≥2 μg，浓度≥50 ng/μL
DNA大片段文库：总量≥30 μg，浓度≥100 ng/μL
其他要求：DNA无降解，无RNA 、蛋白质等杂带污染
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