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转录组测序可全面快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用于研究基因结构和基因功能、可变剪接和新转录本预测等。
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转录组是对特定组织或者特定细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序。从整体水平研究基因功能以及基因结构，全面快速地获得mRNA序列。已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。
生物信息分析内容
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分析内容 |
数字基因表达谱（DGE） |
真核转录组 |
原核转录组 |
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有参考序列 |
无参考序列 |
有参考序列 |
无参考序列 |
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数据质控 |
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与参考基因组比对 |
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序列组装（contig、Unigene长度统计） |
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基因表达水平分析 |
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RNA-seq整体质量评估 |
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差异基因筛选及聚类分析 |
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GO/KEGG富集分析（mRNA或非编码RNA的靶基因） |
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蛋白互作网络分析（mRNA或非编码RNA的靶基因） |
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转录因子注释（仅对人和小鼠） |
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SNP/Indel分析 |
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反义转录本预测(链特异性测序) |
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新转录本预测 |
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可变剪切 |
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基因功能注释 |
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ORF预测 |
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SSR分析 |
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融合基因分析（仅针对肿瘤样本） |
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技术参数
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样本类型 |
总量&浓度 |
目标RNA富集方式 |
文库类型 |
推荐数据量 |
测序策略 |
项目周期 |
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数字基因表达谱（DGE） |
Total RNA
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m≥2 μg c≥50 ng/μL |
Olig dT磁珠调取mRNA |
普通转录组文库 |
≥3G clean data |
HiSeq PE150 |
35个工作日 |
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真核转录组 |
m≥2 μg c≥50 ng/μL |
Olig dT磁珠调取mRNA |
普通转录组文库 |
≥8G clean data |
HiSeq PE150 |
35个工作日 |
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原核转录组 |
m≥5 μg c≥65 ng/μL |
Ribozero试剂盒去除rRNA |
普通转录组文库/链特异性文库 |
≥2G clean data (有参) ≥3G clean data（无参） |
HiSeq PE150 |
35个工作日 |
结果示例
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