|
只对RNA链测序，不测反向互补链，有利于分辨同一基因组位置上双向表达的不同基因，转录本5''端更完整，拼接更准确，非常适合无参转录组的测序，更易发现可变剪切及低丰度表达转录本。
|
|||||||||||||||||
| [发表评论] [本类其他服务] [本类其他服务商] | ||||||||||||||||||
| 服务商： 上海绿宇生物科技有限公司 | 查看该公司所有服务 >> |
绿宇优势
1. 链特异性RNA测序(strand specific RNA sequencing)，与普通双链RNA测序相比: 有如下优点：
1.1 可以确认同一基因组位置上双向表达不同基因的表达水平。
1.2 实验数据显示，链特异性测序的能测到转录本更长的5'端。
1.3 链特异性测序没有无效的反向互补链的数据，因而减少了拼接干扰，拼接更准确．非常适合无参转录组的测序。
1.4 链特异性测序没有无效的反向互补链的数据，因而减少了拼接干扰，拼接更准确．更易发现可变剪切及低丰度表达转录本。
2. 特别适合如下分析：
2.1 模式生物基因结构分析：模式生物已经有完整的基因注释信息，但是实际研究中存在个体差异性。利用链特异性转录组测序可以对个体表达基因的结构进行深度分析，对基因进行重注释。
2.2 差异基因准确分析：能针对不同转录方向的基因进行精确的表达量统计及差异表达分析，从而推断出与功能状态变化相关联的候选基因，揭示差异基因的功能分类和相关代谢通路。
2.3 原核生物操纵子分析：对原核生物的链特异性转录组分析，能更加准确地进行操纵子鉴定和分析。
3. 精通绝大多数组织的RNA抽提及纯化方法，解除您的RNA抽提纯化之忧。
4. 专业的实验操作团队，确保在文库的构建过程的RNA最小的降解、DNA最小的损耗。确保测序结果与样品本身的高度一致性。
5. 测序结果可由国际知名专家为您进行生物信息学分析，根据您的要求提供论文表达所需的数据和图表素材。可参照客户指定的参考文献及方法进行数据分析．
6. 测序周期短，加急测序可三周出数据，加速您的科研进程。
7. 样品起始量要求低，最低10ng total RNA即可进行有效测序。
8. 数据质量高，测序服务好，测序周期短，最快一个月可出结果。
9. 若测序失败，全额退款(退款条件见下文）。
技术路线
抽提总RNA
↓
去除的rRNA
↓
纯化mRNA
↓
片断化
↓
两端加接头
↓
反转录成cDNA
↓
PCR扩增
↓
上机测序
↓
数据分析
↓
转录组拼接(无参测序)
↓
转录组注释
项目周期
视项目方案而定，一般在20工作日数据下机，40天内完成信息分析.
测序方式
1: 测序平台：Hiseq 2500, PE2*125
2: 测序平台：Hiseq 2000, PE2*100
生物信息服务
1. 有参考基因组的转录组分析
- 1) 测序原始数据处理（质量剪切、污染序列去除等）
- 2) 全基因组定位，给出样品中mRNA和ncRNA的分布状态。
- 3) mRNA覆盖度和特征分析，包括盒须图分析不同区的reads覆盖度和reads在均一化mRNA上的分布图。
- 4) mRNA表达量分析，标准化获得样品中每个基因的可信表达丰度，并根据表达丰度对样品中的基因分布趋势进行可视化处理。
- 5) 基因功能注释
- 8) 基因表达差异分析（不少于两个样品）
- 9) 预测新的基因
2. 无参考基因组的转录组分析
- 1) 测序原始数据处理（质量剪切、污染序列去除等）
- 2) Contig和Unigene统计分析
- 3) Unigene功能注释（NR、GO 和KEGG等）
- 4) SSR分析(限植物)及SNPs
- 5) 基因表达差异分析（不少于两个样品）
3. 各种个性化分析
- 1) miRNA-mRNA-甲基化 多重表达谱关联分析（限有参）：将miRNA, mRNA甚至甲基化测序数据进行关联分析，利用网络分析手段识别出关键的调控基因。
- 2) 全基因组关联分析（genome-wide association study, SWAS）从编码区序列SNP与基因表达GEM两个水平进行关联分析，从而实现目标性状的精细定位、功能基因的挖掘。是进行复杂基因组多倍体作物进行遗传关联分析的经济有效的方法。
- 3) 蛋白互作网络分析（限模式生物）将差异表达基因映射到相应的蛋白互作网络中，提取子网并对其进行可视化，并根据基因在整个网络中的拓扑性质来筛选关键基因。
- 4) 集群分离分析方法（Bulk segregant analysis，BSA）与RNA-seq相结合形成(Bulk segregant RNA-seq, BSR)方法，是通过对性状分离的子二代RNA进行高通量测序的方法，分析与突变性状高度相关的SNP位点，从而确定SNP位点与性状之间的关系。
- 5) 其它：参照文献或根据实验设计具体协商
送样要求
1. 组织样品（动植物或微生物）
- 1) 总量大于2g的新鲜样品；植物材料应尽量选取幼嫩部位，避免过老的组织。
- 2) 样本采集立即用液氮速冻，保存于－80℃（保存期不超过1个月），送样时使用干冰运输（不超过72h）。
- 3) 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
- 4) 样品保存期间切忌反复冻融。
- 5) 样品质量合格与否的判断标准：RNA提取后经变性电泳，各RNA条带清晰，比例适中，完整性好，无降解。
2. RNA样品
- 1) 请提供OD260/280介于1.8～2.2之间，浓度≥250ng/μl，总量≥20μg的总RNA，并确保RNA无降解，无污染；或提供浓度≥50ng/μl，总量≥400ng的mRNA。
- 2) 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
- 3) 样品保存期间切忌反复冻融。
- 4) 送样时使用干冰运输（不超过72h）。
- 5) 质检以我方电泳胶图、紫外分析仪定量为准。
- 6) 送样时附带提供RNA电泳检测照片。
3. cDNA样品（仅适用于有参考基因组的转录组分析）
- 1) 总量＞5μg，浓度＞50ng/μl，OD260/280在1.8左右。
- 2) 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
- 3) 样品保存期间切忌反复冻融。
- 4) 送样时使用干冰运输（不超过72h）。
- 5) 质检以我方电泳胶图、紫外分析仪定量为准。
- 6) 送样时附带提供cDNA电泳检测照片。
退款条件：
以下条件达到一条，即认为测序失败，可按合同规定退还全款：
- 1) 在数据总量大于合同要求的前提下，Q20<85%或Q30<75%。
- 2) 基因组序列、rRNA序列、接头序列共计达到10%以上。
目标特性
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。
与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。
转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言，转录组测序无需预先设计探针，即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测，能够提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
单链mRNA有方向性测序，是指在利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序过程中，保留mRNA的方向性信息，只测mRNA的单链信息，从而避免互补序列信息的干扰；并且由于只有单方向的DNA信息，没有了其反向互补序列的重复，因而使测序数据的有效性提高了一倍。
测序结果可进行：转录本结构研究(基因边界鉴定、可变剪接研究等)、转录本变异研究(如基因融合、编码区SNP研究)、基因表达水平研究（差异表达研究）以及全新转录本发现等基因表达调控水平深层次研究。
