PeakTrace DNA数据分析系统能从 ABI KB Basecaller 分析的 ab1文件中提取出原始数据,通过一系列算法从头处理,能提高测序读长,减少错误,提高通量。
良好的兼容性
PeakTrace/Lontrace DNA 序列分析系统适用于 ABI 377 , 310 , 3700 , 3730 , 3730xl , 3100 和3130, Megabase和Beckman系统
操作方便
直接将 KB Basecaller 分析的 trace( 扩展名为 abi 或 ab1 的文件 ) 导入 PeakTrace DNA 序列分析系统,经过短时间处理,系统将自动生成与处理前的 trace 同名的文件,并存入预先指定的文件夹中。
提高读长,减少错误
PeakTrace DNA序列分析系统从ABI KB Basecaller分析的trace中提取出原始数据,通过一系列算法从头处理,能提高可信的测序读长,减少错误,提高仪器通量。
, ABI KB Basecaller 和PeakTrace分析结果的比较
常见问题
很多数据读长超过800bp之后,分辨率比较低,经过 PeakTrace系统重新分析后,能将读长增加0-200bp ,使读长达到甚至超过 1000bp ,并提高分辨率。那么增加的读长部分,比如 800 - 1000bp 的部分,从分析后的峰图上看起来很准确,实际上这些数据可信吗?
经过PeakTrace/Lontrace重新分析的数据,可信度都是用 Qscore 来评价,可以在系统中进行设置,默认条件下是 20 ,即进行 basecalling 的错误概率低于 1 %;如果要求更高,可以设置成为 30 ,则进行 basecalling 的错误概率低于 0.1 。
通过实验也能进行验证,比如用序列拼接或者对 DNA 片断进行反向测序,用实验数据和系统重新处理的结果进行比较即可。
bio-equip.com