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原始数据整理、过滤及质量评估，SSR分析，样品间SSR聚类及统计比较
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简介：SSR（Simple Sequence Repeats），又叫微卫星DNA(Microsatellite DNA)。重复单元很短，只有1-6 bp；重复数可变，总长度为几十个bp，分布于整个基因组的不同位置上。微卫星DNA两端的序列一般是相对比较保守的单拷贝序列，据此可设计特异引物进行PCR扩增。根据串联重复数不同，便可以揭示微卫星DNA长度的多态性，具长度多态性的片段可用作分子标记。微卫星标记因具多态性丰富、重复性好、共显性等优点广泛应用于遗传图谱构建、种群遗传学、指纹分析、系统发育等研究领域。
一、技术路线
二、信息分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
1.1 测序数据量统计
1.2 测序质量评估
l 单碱基质量分布
l 碱基GC含量
l 模糊碱基分布
2. SSR分析
2.1 SSR搜索
l 重复序列信息
l SSR碱基分布
l 不同长度SSR分布
2.2 引物设计
l 引物列表
3. 样品间SSR聚类及统计比较
l 相似SSR统计
l SSR多重比对
三、送样要求
1） 基因组DNA：浓度≥100 ng/μl，总量≥10 μg，OD260/280介于1.8~2.0之间，电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整。样品浓度越高越好。
2） 血液样品：≥1ml，请使用专业抗凝管储存样品。
3） 动物组织样品：要求新鲜动物组织，避免脂肪组织，各样品重量＞10g，干冰或液氮保存寄送。
4） 植物组织样品：要求新鲜较嫩的叶片组织，各样品重量＞10g，干冰或液氮保存寄送。
5） 样品中有多糖、糖蛋白的残留，往往对打断DNA样品带来非常大的麻烦，且很难去除，因此特别要求，客户提供的样品一定要将多糖或糖蛋白去除干净。
6） 样品保存期间切忌反复冻融。
7） 请使用冰袋或干冰运输，避免DNA降解。
8） 请填写完整的送样单，用自封袋密封后随同样品一起送样。
四、适用领域
传统的SSR分子标记过程中存在挑克隆建库等繁琐的实验流程，而本方案是通过高通量测序的方法来寻找一条高效快速的取代途径。
1、可进行未知基因组的物种进行SSR标记开发。
2、文库筛选率高，可最高达70%；而传统方法筛选率在30%左右。
3、数据产出量高，可得到几十万条包含SSR位点的序列。
4、结合高通量测序技术及强大的生物信息分析技术，可对整个未知基因组进行搜寻，提高分子标记的开发力度。更容易发现新的SSR标记。
5、更专业的SSR标记分析系统，个性化的数据分析。
手机版：SSR分子标记开发
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