由于测序通量大、长度长、准确度高等优势,作为第二代测序代表的454 Genome Sequencer焦磷酸测序技术,从2005年开始,已经广泛地应用于全基因组的测序,主要有:
(1)原核生物全基因组;
(2)线粒体、叶绿体、病毒、质粒基因组;
(3)真核生物全基因组。
实验的技术路线:
(一)、原核生物以及线粒体、病毒等的全基因组测序
(1)从样品中提取基因组DNA;
(2)用物理方法将基因组DNA破碎成300-800bp的DNA片段;
(3)测序文库的制备以及后续的操作参考454 GS FLX系统的工作流程;
(4)测序后的组装以及基因预测、功能分析等生物信息分析。
(二)、真核生物全基因组测序
由于真核生物的基因组较大,重复序列较多,基因组结构较复杂,目前,测序的策略还是采用基于构建BAC等文库的基础上进行。也就是说,对BAC等文库进行测序。
(1)从样品中提取基因组DNA;
(2)构建基因组文库,如BAC等文库;
(3)针对BAC等文库进行454测序;
(4)进入454 GS FLX系统的工作流程;
(5)测序后的组装以及生物信息学分析。
实验样品的要求:
纯化好的DNA片段〉1.5kb,浓度〉50ng/ul,总量在5-10ug,OD260/OD280的值在1.8-2.0。
实验服务的价格:
| 基因组DNA大小(bp) |
测序获得的数据量(bp) |
草图的报价(元) |
| 小于8M |
180M-250M |
11万 |
| 8M-15M |
350M-500M |
18万 |
| 大于15M |
依客户要求而定 |
协商 |
实验服务的周期:
一般情况下在6-8周,具体的时间依客户需要完成的项目而定。
更多的需求,请进一步咨询。
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上海同达科信生物技术发展有限公司是由同济大学生物医学与生命学部和上海生物信息技术研究中心联合成立的生物技术综合开发企业。依托两家单位在生物信息分析、实验动物培育、干细胞研究等领域的国内领先优势,公司提供高通量遗传分析、实验动物养殖和培育、干细胞保存与治疗研究、药物筛选与医药开发等方面的服务。目前,公司在高通量遗传分析和后续数据处理方面已经处于全国先进水平。
公司拥有多种大型尖端仪器设备,包括Roche公司的454、Illumina公司的solexa和ABI公司的SOLiD三种第二代高通量遗传分析仪。遗传分析的实验服务种类和后续数据处理和分析,在国内同行中处于领先水平。公司拥有一流的技术团队与顾问队伍,包括多名海外归来的教授。
李亦学:上海生物信息研究中心主任,国内生物信息领域的权威,一直使用神经网络、统计物理等方法从事与DNA序列相关的软件开发研究,特别发展了时间序列的统计相关算法。独自研发的大规模、高通量、自动化的DNA序列测序分析专家系统被EMBL命名为LI-Tracker,分别运用于德、法、挪威等国的研究所和LION Bioscience等生物技术公司。