因美纳NovaSeq™ X Plus RNA-Seq测序应用说明发布
多组学提供了一种综合方法，可帮助我们在多个生物学层面不断探索，获得新发现。通过将基因组学、转录组学、表观遗传学和蛋白质组学的数据相结合，研究人员可以更全面地了解正常发育、细胞反应和疾病相关的分子变化，而转录组学往往是多组学整合中必不可少的一环：
转录组学+基因组学
转录组学+表观遗传学
转录组学+蛋白质组学
超高的通量和准确性
NovaSeq™ X系列为生产规模的RNA-Seq或多组学研究等数据密集型应用提供了超高的通量和准确性。三种流动槽类型支持多种运行配置，提高了灵活性和可扩展性。NovaSeq™ X系列试剂盒中的XLEAP-SBS试剂在性能和速度方面经过了优化，可在不牺牲数据质量的情况下大幅提高通量。与NovaSeq™ 6000基因测序仪相比，NovaSeq™ X系列能以更短的运行时间显著提高通量（表1）：
表1：测序输出量相当，运行时间显著缩短
进一步改善测序指标
除了测序时长的缩短之外，NovaSeq™ X Plus基因测序仪在测序的质量上也通过定制的暗循环方案，减少了测序过程中出现首碱基T悬垂（RNA文库制备过程中连接测序接头时产生的副产物）的情况，从而进一步改善了测序指标。在下面的表格中，我们比较了常用的四款测序试剂盒（NovaSeq™ X Plus 1.5B、10B、25B测序试剂盒300循环包装和NovaSeq 6000 S4测序试剂盒200循环包装）在RNA-Seq测序中的常见运行指标（表2）：
表2：总RNA-Seq 的测序运行指标
以上结果表明，在NovaSeq™ X Plus基因测序仪上生成的总RNA-Seq数据超出了已公布的数据质量规范，也优于使用NovaSeq™ 6000基因测序仪生成的结果。
随后我们将所有样本的测序数据取10M read，使用DRAGEN™ RNA pipeline v4.0.4版本比较了基因表达数据，并将数据与基因组参考序列联盟的人类标准基因 GRCh38 （hg38 组装序列）进行了比对。结果表明，对于所有NovaSeq™ X系列流动槽中的总RNA-Seq，两个平台的测序比对指标（包括重复率、已定位 read 百分比和唯一 read百分比）显示出出色的一致性（R2>0.99）（图3和图4）。同样，融合检出数据在两个平台上也都表现出色（图5）。这些结果表明，在NovaSeq™ X系列上进行全转录组测序产生的数据质量达到或超过了NovaSeq™ 6000基因测序仪的性能。
图3：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因测序仪之间的RNA-Seq数据一致性——测序数据显示，在所有NovaSeq™ X系列流动槽和所评估样本（HL60、KS62 和MCF7，多次运行）的总RNA-Seq中，两个平台之间的一致性非常好，R2> 0.99。
图4：NovaSeq™ X Plus 和NovaSeq™ 6000基因测序仪上的RNA-Seq比对指标——包括重复率、已定位read百分比和唯一read 百分比在内的测序比对指标显示，两个平台之间具有出色的一致性（在所有NovaSeq X系列流动槽和所评估样本（HL60、KS62和MCF7）中，总RNA-Seq的R2> 0.99）。
图5：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因测序仪之间的融合检出数据一致性——对于不同的流动槽，两种平台上的融合检出数据均表现出色。
总结
NovaSeq X系列的RNA-Seq提供了简化的从RNA到结果的工作流程，集强大功能、速度和灵活性于一身，可实现高通量转录组分析。将 NovaSeq X Plus基因测序仪的全转录组测序数据与使用NovaSeq 6000基因测序仪生成的数据进行了直接比较。
结果表明，对于 NovaSeq X Plus 基因测序仪的所有三种流动槽配置，NovaSeq X系列的性能均达到或优于 NovaSeq 6000基因测序仪的性能，为从基因表达分析到全转录组发现研究的各种 RNA-Seq项目提供了可扩展性。NovaSeq X系列的转录组学分析可与其他组学研究相结合，从而获得深入的生物学见解。
使用NovaSeq™ X系列进行 RNA-Seq测序
仅供研究使用，不得用于诊断。
转录组学+基因组学
对全基因组关联研究（GWAS）中发现的变异进行注释和优先排序，以了解疾病机制。
转录组学+表观遗传学
研究基因调控与基因表达之间的联系，以了解控制目标表型的机制。
转录组学+蛋白质组学
同时定量 RNA 和蛋白质表达，全面了解细胞功能和活动。
超高的通量和准确性
NovaSeq™ X系列为生产规模的RNA-Seq或多组学研究等数据密集型应用提供了超高的通量和准确性。三种流动槽类型支持多种运行配置，提高了灵活性和可扩展性。NovaSeq™ X系列试剂盒中的XLEAP-SBS试剂在性能和速度方面经过了优化，可在不牺牲数据质量的情况下大幅提高通量。与NovaSeq™ 6000基因测序仪相比，NovaSeq™ X系列能以更短的运行时间显著提高通量（表1）：
进一步改善测序指标
除了测序时长的缩短之外，NovaSeq™ X Plus基因测序仪在测序的质量上也通过定制的暗循环方案，减少了测序过程中出现首碱基T悬垂（RNA文库制备过程中连接测序接头时产生的副产物）的情况，从而进一步改善了测序指标。在下面的表格中，我们比较了常用的四款测序试剂盒（NovaSeq™ X Plus 1.5B、10B、25B测序试剂盒300循环包装和NovaSeq 6000 S4测序试剂盒200循环包装）在RNA-Seq测序中的常见运行指标（表2）：
以上结果表明，在NovaSeq™ X Plus基因测序仪上生成的总RNA-Seq数据超出了已公布的数据质量规范，也优于使用NovaSeq™ 6000基因测序仪生成的结果。
随后我们将所有样本的测序数据取10M read，使用DRAGEN™ RNA pipeline v4.0.4版本比较了基因表达数据，并将数据与基因组参考序列联盟的人类标准基因 GRCh38 （hg38 组装序列）进行了比对。结果表明，对于所有NovaSeq™ X系列流动槽中的总RNA-Seq，两个平台的测序比对指标（包括重复率、已定位 read 百分比和唯一 read百分比）显示出出色的一致性（R2>0.99）（图3和图4）。同样，融合检出数据在两个平台上也都表现出色（图5）。这些结果表明，在NovaSeq™ X系列上进行全转录组测序产生的数据质量达到或超过了NovaSeq™ 6000基因测序仪的性能。
图3：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因测序仪之间的RNA-Seq数据一致性——测序数据显示，在所有NovaSeq™ X系列流动槽和所评估样本（HL60、KS62 和MCF7，多次运行）的总RNA-Seq中，两个平台之间的一致性非常好，R2> 0.99。
图4：NovaSeq™ X Plus 和NovaSeq™ 6000基因测序仪上的RNA-Seq比对指标——包括重复率、已定位read百分比和唯一read 百分比在内的测序比对指标显示，两个平台之间具有出色的一致性（在所有NovaSeq X系列流动槽和所评估样本（HL60、KS62和MCF7）中，总RNA-Seq的R2> 0.99）。
图5：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因测序仪之间的融合检出数据一致性——对于不同的流动槽，两种平台上的融合检出数据均表现出色。
总结
NovaSeq X系列的RNA-Seq提供了简化的从RNA到结果的工作流程，集强大功能、速度和灵活性于一身，可实现高通量转录组分析。将 NovaSeq X Plus基因测序仪的全转录组测序数据与使用NovaSeq 6000基因测序仪生成的数据进行了直接比较。
结果表明，对于 NovaSeq X Plus 基因测序仪的所有三种流动槽配置，NovaSeq X系列的性能均达到或优于 NovaSeq 6000基因测序仪的性能，为从基因表达分析到全转录组发现研究的各种 RNA-Seq项目提供了可扩展性。NovaSeq X系列的转录组学分析可与其他组学研究相结合，从而获得深入的生物学见解。
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使用NovaSeq™ X系列进行 RNA-Seq测序
使用NovaSeq™ X系列实现高度准确的新一代测序
仅供研究使用，不得用于诊断。
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