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CosMx Human 6K单细胞空间原位数据集预售即将开启

浏览次数:2127 发布日期:2024-2-26  来源:本站 本站原创,转载请注明出处

新品预售即将开启
CosMx™ Human 6K Discovery Panel

单细胞+空间原位+6K基因

在单细胞空间原位对6000个基因的检测分析,实现单细胞研究的空间组学跃迁,以深入的洞察力开启前所未有的空间生物学之旅。

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技术特点

您是否正在致力于开发绘制单细胞图谱?您是否着眼于鉴定细胞状态并探索其功能?您是否关注于细胞配体-受体相互作用以研究细胞通讯?您是否致力于解析组织微环境表型或进行生物标记物发现?如果是这样,CosMx™ Human 6K Discovery Panel能让您在单细胞水平上对几乎整个生物学通路进行空间分析,所涵盖的基因靶标经过了充分验证,并具有简单的样本制备流程、直观易用的仪器操作和可靠稳定的系统运行等特点优势,全方位加速您的单细胞空间生物学研究。超多靶标的单细胞空间原位表达信息不仅可以实现精细的细胞分型,绘制单细胞空间图谱,对于细胞配受体检测、细胞通讯、细胞状态、细胞微环境表型分析和生物标志物发现也提供了强大的挖掘潜能。

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全面的通路覆盖和稳定可靠的数据质量

● 超多检测靶标:在单张载玻片上分析超过6000种RNA靶标,包含超过400对配体-受体,全面剖析几乎所有生物学通路;

● 超高分辨率:真正意义的单细胞分辨率,甚至亚细胞分辨率;

● 行业领先的细胞分割算法:实现精确的单细胞边界识别和界定,保证后续单细胞原位转录组分析的可信度;

● 支持灵活定制方案:可定制添加多达200个额外的RNA靶标;

● 高度可信的数据质量:设置多重阴性对照,增强您对数据质量的信心;

利用易用的交互式AtoMx™空间信息平台 (SIP)开展数据分析和结果可视化。

应用领域

01 绘制单细胞空间图谱

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使用Allen Human M1 Atlas数据进行半监督细胞分型

02 揭示配体与受体的相互作用

发现不同类型细胞配体-受体的空间共定位、共表达

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在肝癌FFPE样本中发现不同类型细胞中配受体的空间共表达模式

03 发现稀有细胞,实现更精细的细胞分型

配体共定位识别人脑中的罕见细胞类型:Sst Chodl神经元

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根据配体相关性矩阵构建的图谱网络,识别出具有长程投射的罕见皮层中间神经元。

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对配体邻域表达谱的相关矩阵进行无监督聚类,以识别共定位配体群。其中一个配体集群由SST、NPY和CORT这3种配体组成,它们的邻域表达谱显示出很强的相关性。这3种配体的共同表达确定了一种罕见的细胞类型:Sst Chodl神经元。

04 发现新的生物标志物 — Plex Matters!

使用CosMx™ 6K Discovery Panel 可以对差异表达进行更全面的分析,并极大程度提高发现生物标记物的潜力

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如两幅火山图所示,与CosMx™ Human Universal Cell Characterization RNA Panel相比,CosMx™ Human 6K Discovery Panel能识别出更多具有统计学意义和生物学意义的肾癌相关基因。

单细胞空间原位6K公共数据集
CosMx Human Frontal Cortex FFPE Dataset

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整个组织切片的空间细胞图谱和细胞类型UMAP聚类

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CosMx 6K数据集概览

基于CosMx™ SMI单细胞空间原位分子成像系统,CosMx Human Frontal Cortex FFPE Dataset数据集对人类额叶皮层FFPE样本中的6078个基因进行了单细胞分辨率的空间定位和原位表达分析*。该套数据集展示了CosMx™ SMI在单细胞空间领域领先的数据表现和性能。超过6000个基因检测方案,能支持研究人员在单细胞分辨率的空间生物学研究中实现最全面的基因组覆盖度,获取全面深入的信息。

CosMx™ SMI 单细胞空间原位成像系统

CosMx™ SMI是一个突破性的单细胞空间原位成像平台,结合了超高分辨率成像技术和多靶标检测能力,能够对组织切片中6000种RNA和64种蛋白质分子进行单细胞和亚细胞分辨率的原位成像,支持研究人员实现精准透彻的生物学解析。

众所周知,FFPE样本中的RNA和蛋白质通常质量较低,尤其是RNA往往降解严重,使得对于FFPE样本的分子检测分析极具挑战性。CosMx™ SMI系统具有简单的样本制备流程和稳定的原位杂交化学原理,并能够兼容多种组织类型(如新鲜冷冻(FF)、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)、组织芯片(TMA)、类器官等),在单细胞分辨率上实现RNA和蛋白质在组织细胞原位精细的可视化展示和精准的定量分析。

超多靶标的单细胞空间原位表达信息不仅可以实现精细的细胞分型,绘制单细胞空间图谱,详细展示细胞邻域和组织微环境,同时还支持细胞配受体检测,在真实的组织空间背景下推进您对细胞间相互作用、细胞通讯和细胞状态的深刻洞察。

CosMx™ SMI应用包括:

● 单细胞空间图谱:发现不同细胞类型,绘制其组织空间定位;

● 差异表达分析:基于空间背景的单细胞转录组差异表达分析;

● 解析细胞状态和细胞功能;

● 细胞邻域分析:组织微环境的空间表型;

● 细胞通讯:配体-受体相互作用;

● 转录本和蛋白的亚细胞定位;

● 生物标志物的发现和验证。

SBC先后搭建GeoMx® DSP和CosMx™ SMI两大空间组学研究平台,并与NanoString携手共建DSP空间组学“卓越中心”,搭配10x Visium Cytassist以及LCM+timsTOF Pro 4D非靶向深度空间蛋白组平台,打造空间生物学全链条创新多组学平台及解决方案,助力科学发现。

相关公司:上海生物芯片有限公司
联系电话:400-100-2131
E-mail:marketing@shbiochip.com


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