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云序全国首发重磅新服务eccDNA甲基化测序
点击次数:1452 发布日期:2021-6-2  来源:本站 本站原创,转载请注明出处
近年来,eccDNA(染色体外环状DNA)连登《Nature》《Cell》等期刊,彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知,成为了具有潜力的科研新热点

近期,NIPT之父卢煜明教授基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了eccDNA甲基化测序技术,并揭示了孕妇血浆中的胎儿eccDNA甲基化状况,为eccDNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

作为国内提供eccDNA测序服务的公司,云序生物一直是eccDNA领域的领跑者。通过严谨的技术开发和质控,云序正式全国首发eccDNA甲基化测序服务!

A.技术优势
1.一箭双雕:同时检测eccDNA及其甲基化状况,节约样品,性价比高
2.单碱基分辨的eccDNA甲基化分析

B.eccDNA甲基化测序流程
1.EccDNA富集:通过核酸外切酶 V 消化等手段,去除样品中的线性DNA,从而达到富集eccDNA的目的。
2.加接头:通过转座酶打开eccDNA的环形结构,并在DNA片段的两端加上接头。
3.末端修复:通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。
4.C-U转化:通过温和的酶转化法,将未甲基化的胞嘧啶(C)高效地转化为尿嘧啶(U)。
5.PCR扩增:对转化后产物进行PCR扩增及纯化。
6.上机测序:纯化后文库质检合格后进行上机测序。
 
图1. 血浆eccDNA甲基化测序流程
图1. 血浆eccDNA甲基化测序流程

C.eccDNA甲基化测序质控(云序实例)
实验项目:血浆eccDNA甲基化测序

1.血浆cfDNA Qubit定量
通过Qubit荧光定量仪检测掺入样品DNA的特异荧光染料信号,从而对样品进行精确定量。
 
1. 血浆cfDNA Qubit定量

2.文库2100质控

通过Agilent生物分析仪对测序文库进行质控。
 
2. 文库2100质控
 

3.FastQC质控

通过FastQC软件进行测序数据质控。

3. FastQC质控

 

4.Read统计及转化率
对测序碱基质量(Q30),Read及C-U转化率进行统计。
 
4. Read统计及转化率
  

D.eccDNA甲基化测序数据展示

1.eccDNA的识别及甲基化水平
通过软件识别eccDNA的染色体坐标,长度及表达量
 
1. eccDNA的识别及甲基化水平

ecc_chr: eccDNA的染色体
ecc_start: eccDNA的起始位点
ecc_end: eccDNA的终止位点
ecc_location: eccDNA的染色体坐标
ecc_length: eccDNA的长度
T1,T2: 不同样品中某个eccDNA对应的原始split reads数目
Meth_Level_T1,T2: 不同样品中某个eccDNA的甲基化水平

2.eccDNA的基因注释
对eccDNA所在位置的蛋白编码基因的位置,基因名,基因ID等信息进行注释
 
2. eccDNA的基因注释
chr, start, end: eccDNA所在区域的蛋白编码基因的基因组位置信息
gene_id: eccDNA所在区域的蛋白编码基因的gene ID
gene_name: eccDNA所在区域的蛋白编码基因的基因名
strand: eccDNA所在区域的蛋白编码基因所处的正负链信息
overlap: eccDNA与蛋白编码基因的重叠区域

3.eccDNA长度分布图
eccDNA的长度分布图表明:eccDNA在两个区域富集,一是~200bp的区域,另一个是300-450bp的区域。
3. eccDNA长度分布图
 
4.eccDNA甲基化水平统计
不同功能区域的eccDNA的甲基化水平统计
 
4. eccDNA甲基化水平统计

E.eccDNA甲基化测序样品要求
cfDNA: > 50 ng
血浆:> 5 mL
细胞:> 2 x 107
组织:> 100 mg
其他样品类型咨询021-64878766当地销售

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相关公司:上海云序生物科技有限公司
联系电话:021-64878766
E-mail:tianlihua@cloud-seq.com.cn


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