伯豪生物获批筹建上海市高通量疾病标志物分析平台

    近日，伯豪生物获批筹建上海市高通量疾病标志物筛选、验证和数据分析研发公共服务平台。

    针对疾病标志物筛选的研究热度已持续数十年，目前，各类重大疾病如恶性肿瘤、严重心脑血管疾病、遗传性疾病等，常常是医治花费巨大，严重影响患者及其家庭的正常工作和生活，对患者和社会都造成巨大的负担，因此针对疾病的生物标志物筛选验证等一直是临床研究和应用的热点。随着高通量芯片技术、高通量测序技术、液体活检等技术的成熟，也加快了疾病标志物筛选和验证的研究速度。同时，作为高通量的技术，基因芯片和新一代测序对样本进行检测后会产生大量数据。对这些数据进行挖掘，从中找出疾病相关的基因，是一项非常重要的工作。

    伯豪生物此次筹建上海市高通量疾病标志物筛选、验证和数据分析研发公共服务平台，旨在利用高通量平台综合技术和大数据存储分析的优势，协助各类研究机构、企业、医院、药厂进行高通量疾病标志物筛选、验证和数据分析服务，从而为本区域的该类高技术服务的集聚效应提供支撑。

    该平台的建立是伯豪生物领衔启动国家发展改革委基因检测技术应用示范中心之“高发肿瘤及遗传性疾病基因检测示范中心”之后的又一重点平台工程项目。高通量疾病标志物筛选、验证和数据分析研发公共服务平台建立完成后，也将为“高发肿瘤及遗传性疾病基因检测示范中心”提供技术平台支撑。

    平台筹建完成后，将整合资源为上海和华东地区的合作伙伴，提供系统而全面的“高通量疾病标志物筛选、验证和数据分析”解决方案。具体如下：

• 升级高通量基因芯片服务平台，实现年3000—4000项目的服务能力。

    从基因组水平，筛选与重大疾病相关的基因，采用高通量基因分析检测手段，如高通量样本处理技术、高通量测序、高通量基因芯片、生物信息大数据分析等技术和设备，进行全基因组扫描、大规模分析和运算，筛选疾病候选基因。

• 建立数字化PCR、焦磷酸测序等验证服务平台，进行扩大样本的生物标志物验证。

    对候选基因采用经典的测序方法、荧光定量PCR方法、生物芯片方法、以及近几年迅速发展的数字PCR方法等进行多方面的校验，确定重大疾病患者样本中高发频率位点，构建预测模型，并对构建的预测模型采用新样本进行大样本检测和修正，确定模型的敏感性、特异性和准确性。

• 提升生物信息计算、分析和存储能力，建立基于web端的数据存储、分析和共享平台，为用户提供在线分析服务。

    提升生物信息服务器的集群计算、分析和存储能力，建立数据分析体系，对高通量数据进行分析和知识挖掘。依据数据流分析过程，开发标准化、预处理、差异筛选、聚类、功能模块统计分析、可视化等常规算法。建立基于web端的数据存储、分析和共享平台，为用户提供在线分析服务。

• 建立标准化的服务平台质量管理体系，实验室信息管理体系和项目管理体系

    针对不同的子平台技术特点，编写用于平台操作的标准化流程，建成后的平台，将具有规范的SOP体系、质量管理体系、实验室信息管理体系和项目管理体系，有专业化的技术团队进行专业化试验、数据分析操作。
 

• 关于上海市研发公共服务平台

     建设上海研发公共服务平台是《上海实施科教兴市战略行动纲要》明确提出的一项战略任务，是落实科学发展观的重要举措，也是上海建设创新型城市的重要支撑。研发平台是运用信息、网络等现代技术构建的开放的科技基础设施和公共服务体系，由科学数据共享、科技文献服务、仪器设施共用、资源条件保障、试验基地协作、专业技术服务、行业检测服务、技术转移服务、创业孵化服务和管理决策支持十大系统组成。

    作为国家科技基础条件平台的重要组成部分，上海研发公共服务平台将有效整合集成上海及长三角地区的研发资源，通过开放仪器设施与研究基地，共享科学数据和科技文献，提供专业技术、创业孵化、技术转移等服务，促进科技资源在全社会范围内的高效配置和共享利用，提升企业自主创新能力，降低创新创业成本，加强产学研合作，系统优化科技创新和产业化环境，提高上海综合竞争能力，增强上海的服务功能，促进长三角区域科技、经济和社会的可持续发展。