借助454 测序系统实现油棕榈基因组高水准从头拼接

 

在马来西亚吉隆坡召开的新闻发布会上，一组研究人员宣布完成了对油棕榈基因组的完整测序、拼接和功能注释，这为人们在提高这一具有重要商业意义的植物的生产力和可持续性的道路上树立了重要的里程碑。该研究倡议还分析了油棕榈生长过程中各个阶段的基因表达，以便通过测序12个转录组来阐明棕榈油的生物合成机制。本次发布会由马来西亚总理纳吉布·敦·拉扎克主持，在会上详细介绍了 Sime Darby公司、Synamatix公司和罗氏旗下的454生命科学公司通过紧密合作充分鉴别出这一热带植物的基因组特征。

 

棕榈油提炼自油棕榈的果实，被广泛用于食物、营养补充剂和化妆品中，目前也日益被用作生物燃料。在成功地揭示油棕榈的基因组后，研究人员将最终能培育出油产量更高的更具可持续性的树种。Sime Darby Plantations公司的总经理 Dato Azhar Abdul Hamid解释道：“我们致力于在油棕榈生产中保持最高的可持续标准。为找出这一重复程度非常高的复杂基因组，我们向Synamatix寻求了帮助，并采用了领先的新一代测序技术454 测序系统。我们对该研究的结果非常满意，目前我们正在努力将基因信息转化为切实可行的农业解决方案。”

 

对17亿个碱基对油棕榈基因组完成测序与拼接是农业上的一大重要发现，同时它也代表了大型的复杂植物基因组测序在技术方法上的根本性的转变。研究人员仅采用 Genome Sequencer FLX Titanium 系统对基因组进行测序，然后由总部位于马来西亚的首屈一指的生物信息学公司Synamatix 进行基因拼接和分析。值得关注的是，这是首次在未使用传统的Sanger测序数据的情况下，利用第二代测序技术独立完成一种大型且高度复杂的植物从头基因组拼接。这种快速且经济的新方法为了解各种具有重要经济意义的植物的基因组成开启了新天地，弥补了这类植物的测序成本向来很高的缺点。

 

454生命科学公司的首席技术官兼研发副总裁Michael Egholm说：“我们为能成为这一重要的植物基因组研究项目的一员深感自豪。454测序系统有能力生成数百万个长片断读长，是识别高度复杂植物基因组的理想工具。我们期望能与我们的生物信息学合作伙伴Synamatix 公司进一步合作，对其它具有重要商业意义的植物进行基因组测序和拼接。”

 

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