454 测序研究揭示新HIV 整合酶与侵入抑制剂治疗相关的耐药性和嗜性新观点

研究结果也许能作为未来治疗HIV 病患的潜在治疗方案

上周在加拿大蒙特利尔召开的第16 届逆转录病毒及机会性感染会议（CROI）上公布的两项研究的最新数据证明，罗氏旗下454 生命科学公司Genome Sequencer FLX 系统的超深度测序（ultra-deep sequencing）与传统方法相结合，有望加深对病毒抗性和嗜性的基本了解，从而促进未来可供HIV 病人选择的新药开发。用于综合治疗的有效药物筛选是确保病人可以最佳方式长期抑制HIV 及防止疾病向艾滋病（AIDS）方向发展的关键。

逆转录病毒及机会性感染会议（CROI）上公布的研究结果由罗马大学Tor Vergata和Virco BVBA 的科学家在Virco 实验室最新进行的系列联合研究中完成。研究人员分析和解释了用Genome Sequencer FLX 系统对HIV 感染样品进行测序所得到的结果。这项研究探讨了HIV 对一种叫做整合酶抑制剂的新型药物的耐药性，并且深入研究了病毒嗜性。454 测序系统的超深度方法比较于传统的测序方法，能显著提高检测低频病毒变异--即病毒准种的灵敏性。

第一项研究分析了长期接受抗逆转录病毒治疗的患者在接受整合酶抑制剂raltegravir 和优化核心疗法的综合治疗的情况。这项研究在多个时间点对样品同时进行多种分析，包括传统Sanger 基因分型、体外表型分型和超深度测序。结果研究人员发现，治疗失败的病人体内存在多种病毒准种，其水平远低于常规检测下限，而治疗成功的病患体内这样的病毒准种数量要少得多。研究人员推测许多不同株的病毒共存或许有利于耐药性的发展，并最终导致治疗失败。

研究人员进一步提出，在基线水平上鉴别的病毒准种与治疗失败之间的相关性可能以一种更复杂的途径发生，其复杂性超过了目前已知的由单纯药物驱动的初级突变选择。Vergata 大学Perno 教授表示，“454 测序技术的这种可识别极低水平突变的能力，为研究HIV 如何对新药（比如整合酶抑制剂）产生耐药性提供了新观点”，他的同事Ceccherini-Silberstein 博士补充道，“这项技术可完善现有的技术，也为HIV研究提供了显著的增值价值。”

在第二项研究中，研究人员对来自HIV 感染患者的分离病毒株进行分析，包括传统的表型分型和基因型分型，以及深度测序分析，以了解HIV 病毒嗜性。HIV 嗜性是指一个病人特定的HIV 病毒在进入人类CD4 细胞进行繁殖时选择CCR5、CXCR4 两个协同受体中的哪一个的偏向性。确定一个HIV 病毒株采用的协同受体是CCR5、CXCR4，还是两者的结合，正是监控和治疗HIV 的一个关键步骤。双嗜性（dual tropic）病毒能
利用协同受体中的任一个或者两个以进入细胞。在这项研究中，研究人员利用454 测序系统V3 深度测序分析了10 个随机挑选的双嗜性分离株，并在人类免疫细胞中研究其对包含CCR5 拮抗剂和CXCR4 拮抗剂AMD3100 的治疗方案的敏感性。

通过这些样品，研究人员发现双嗜性病毒大多属于可能使用R5 和CXCR4 受体的准种，而不是使用R5 和X4 受体的准种，这是有关HIV 病毒如何适应性选择进入人类目标细胞CD4 细胞的协同受体的一种新观点。VIRCO BVBA 研发部副主席Lieven Stuyver博士表示，“这种分析有助于更好的理解HIV 协同受体嗜性的复杂机制”，“我们相信，应用目前的技术比如表型分型，结合新型技术比如Genome Sequencer FLX 系统超深度测序对临床结果数据进行分析，也许能揭示这些复杂病毒机制，并最终达到更好的HIV 治疗效果。”

454 生命科学公司总裁，首席执行官Christopher McLeod 表示，“这些研究都证明了454 测序能用于病毒疾病以及潜在治疗方法的研究”，“开发创新的治疗方法，比如新型HIV 药物，常常需要伴随合适的工具以便为特定的病人恰当地选择合适的治疗方案。我们相信，在不远的将来，454 测序系统的灵敏度，准确度和速度必将有助于改变监控和治疗HIV 的方式。”

454 生命科学是罗氏应用科学旗下卓越的中心之一，开发并商业化了创新的454 测序系统，用于超高通量的DNA 测序。具体的应用包括基因组的从头测序和重测序、宏基因组学、RNA 分析和DNA 目标区域的定向测序。454 测序系统的特点是样品制备简单且无偏向性，读长包括配对末端读长超长且准确度高。454 测序系统的技术已经催生了各个研究领域的几百项经同行评议的研究，例如癌症和传染病研究、药物筛选、海洋
生物学、人类学、古生物学等多个方面。更多信息，请查看http:///。