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非标定量法（Label-free）是近年来重要的质谱定量方法，通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化。该技术无需昂贵的同位素标签做内标，提高了低丰度蛋白质的检测效率和蛋白质定量的准确性，广受科研工作者的推崇。
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产品介绍
在二维凝胶电泳的实验中，可以通过比较染色后的2张2D胶图像中蛋白点的光密度值进行差异定量，或比较同种蛋白经同位素标记和未经标记的串联质谱峰面积进行差异定量。但这两种常用技术由于在样品处理上费时费力，不利于大规模的蛋白质组定量。
非标定量法（Label-free）是近年来重要的质谱定量方法，通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化。该技术无需昂贵的同位素标签做内标，提高了低丰度蛋白质的检测效率和蛋白质定量的准确性，广受科研工作者的推崇。
目前，已经有一系列配套的非标记定量分析软件，其中包括的GE公司开发的DeCyder MSTM商业化软件，领先的蛋白质组学定性定量算法MaxQuant。运用这些软件，对液相色谱串联质谱数据非标记定量分析是将质谱数据由谱峰形式转化为直观的类似双向凝胶图谱，谱图上每一个点代表一个肽段，而不是蛋白质；再比较的不同样本上相应肽段的强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。实践证明其具有很好的定量准确性和可信性，现在已经逐渐成为蛋白质组学领域内的标准解决方案。
特点：
1.对于液相色谱串联质谱的稳定性和重复性要求较高；
2.改成无需昂贵的稳定同位素标签标记样本，实验成本低；
3.对样本的操作较少，并且不受样品条件的限制；
4.可以检测到的肽段动态范围可以达到4个数量级以上，提高了低丰度蛋白质的检测效率、非标记定量准确性。
注意：
1.非标定量方法可以大大减少样本预处理的时间及样品本身产生的干扰，并且可以实现最大量的定量及定性结果。
2.非标定量方法需要较好的色谱重现性，ESI喷雾连续性和污染物均会干扰其定量重现性。
3.非标定量方法需要进行正确的谱图校正，否则将影响其定量准确性和重现性。
原理
非标定量法（Label-free）是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化，认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关，因此蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度，通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来,从而对蛋白质进行定量。按照其原理主要分为两种，第一种spectrum counts类的非标记方法，发展比较早，已经形成多种定量算法，但是主要的原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础，计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。
