结构分辨的糖蛋白组和糖组学深度分析软件

对于糖蛋白质组，PEAKS^® GlycanFinder提供两个工作流来对N糖和O糖基化肽段进行定性和定量分析。Glycan Site Profiling工作流用于分析糖基化位点，结果可汇总展示多酶切质谱数据各自鉴定到的肽段。Glycan Sample Profiling工作流用于糖蛋白、糖肽和非糖肽水平的非标记和标记定量分析。

图1 完整糖肽分析工作流
 

为了确保糖蛋白组的更深入覆盖，Glycan Site Profiling工作流提供了位点异质性的详细视图，揭示了每个糖基化位点上不同糖型的分布和丰度。通过PEAKS特有的整合多个酶切样本的质谱数据，全面揭示每个糖基化位点的糖谱，提升可信度。

图2. 完整蛋白覆盖视图和糖型比例分布图
 

此外，PEAKS^® GlycanFinder使用Charge Lookup策略提升糖肽定量分析的重现性，即使有些Feature存在MS2谱图缺失，也能确保所有检测到的糖肽Feature参与计算。

为实现糖肽鉴定的最优性能，GlycanFinder整合了针对不同碎裂方法训练优化的算法，并兼容多种质谱平台。下图展示了GlycanFinder在来自不同仪器上对 IgG 中同一种糖肽的鉴定与注释结果。

来自不同仪器上对 IgG 中同一种糖肽的鉴定与注释结果
 

New!  在GlycanFinder 3.0中, 借助 EAD 碎裂开展的糖肽鉴定效果得到显著提升！针对EAD和EAciD碎裂方式，可通过利用y/b和c/z离子实现增强评分，从而提高检测灵敏度。New! 全面提升结构鉴定的可信度和灵敏度，糖肽鉴定结果中会给出GPSMs(glyco spectrum-peptide matches)的糖链结构置信度等级，这个置信度基于肽段和糖链的鉴定质量综合计算。用户可以根据这些置信度等级灵活地筛选糖肽。


New！多个O糖基化位点分析
完整糖肽数据库搜索现已支持自定义每条糖肽上O糖的位点数，最多可设置5个，实现准确的复杂糖肽鉴定和糖基化位点定位。


New!  配对谱图支持
新增HCD-pd-EThcD混合谱数据分析，可实现糖链结构与糖基化位点的高置信度鉴定。GlycanFinder 3.0可分别显示同一条糖肽的HCD和EThcD的注释谱图，便于用户直观解析鉴定结果。New!  聚糖修饰分析
PEAKS® GlycanFinder 提供全面的糖组学分析方案，用于表征具有多种修饰的糖肽以及游离糖，以解决聚糖修饰带来的分析挑战。

New!  InChorus功能-跨软件结果比对
在糖蛋白质组学研究中，不同分析软件对糖肽的鉴定结果往往存在差异，这会导致注释结果不一致或模糊不清。GlycanFinder 3.0全新的InChorus功能可以整合多个搜索软件的糖肽鉴定结果，在用户友好的界面中清晰展示共有和各自的糖肽鉴定结果。InChorus可自动提取其他搜库软件的数据，在单张谱水平上直观展示每个PSM的重叠情况，并提供直观的筛选和导出选项，用户能够更清晰地获得更高置信度的分析结果。


03--糖肽和糖蛋白定量
Glycan Sample Profiling工作流可以进行完整糖肽和糖蛋白的可靠鉴定和定量，支持非标记和报告离子定量方法。
>非标记定量（LFQ）：基于不同样本中肽段特征峰的相对丰度进行定量，并通过Match Between Runs对不同样本中同一肽段的特征峰进行匹配。

>报告离子定量（RIQ）：基于不同标签产生的报告离子信号强度实现相对定量，支持商业化试剂iTRAQ/TMT或用户自定义标签。

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用户可以通过PEAKS^® GlycanFinder的Released Glycan Sample Profiling工作流将糖组和糖蛋白质组学串联起来，软件内置一些常见聚糖的修饰，也支持用户自定义，并可以进行游离糖的报告离子定量分析。

01--为糖蛋白组研究扩充糖组学数据
PEAKS^® GlycanFinder支持糖基修饰和加合离子分析，以及糖的crossing ring碎片离子注释，因此使得糖谱注释和鉴定更加准确。

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