PEAKS
®AB是一款基于高分辨LC-MS/MS数据联合正交酶解方法,实现对抗体/蛋白的全自动从头测序软件。
软件可精准分析翻译后修饰(PTM)与序列突变,实现糖基化位点全景表征,提供直观的手动核验与同源序列查找,一站式满足抗体/蛋白研究需求。
核心功能
- 全自动化的抗体与蛋白从头测序
- 精准的异亮氨酸/亮氨酸(Ile/Leu)鉴别
- 抗体/蛋白序列的Peptide Mapping分析
- 深度的聚糖全景解析
- 翻译后修饰与序列变异的定量分析
- 支持手动编辑和查找同源序列
- 支持用户自定义结果报告形式
- 仪器厂商中立,支持Orbitrap、timsTOF、ZenoTOF数据
软件概览
基于碎片离子提供的直接证据生成高可信度从头测序序列标签,经肽段de novo测序后,无需参考序列,将其组装为完整的抗体/蛋白序列。点击肽段查看谱图,可直接在谱图上标注碎片离子对应的每一个氨基酸。
基于保留时间预测优化中等质量氨基酸区分,结合质谱碎片离子直接证据,确保测序的精准度。并在de novo结果中,展示预测保留时间和实测保留时间的差值帮助人工确证。
利用w-ion精准鉴别 Ile/Leu,填补传统测序的关键盲区。
整合全序列信息,显示每个氨基酸来自碎片离子的直接证据。
peptide mapping view
Peptide Mapping可自动对比、注释不同样品谱图信息,标明可能发生的序列突变,以便进行后续产品质控或其他任何相关研究(蓝色峰标注来自参考蛋白的肽段、红色峰高亮突变/杂质肽)。
序列变异视图自动高亮标注转录错误导致的氨基酸变异、截短位点,直观可视化异常序列。
PTM Profiling清晰展示了含修饰位点的每一条序列的修饰/未修饰肽段谱图,并提供基于XIC的精准定量数据。
此外,在PTM功能模块中也可以对序列CDR功能区注释的设置和修改。
内置Glycan Profiling工具,精准映射糖肽至抗体序列,解决糖肽-序列对应混乱、位点定位不准问题。按酶解产物分类分析聚糖谱,直观展示位点聚糖组成与相对丰度,并自动匹配N/O-linked糖库完成聚糖结构注释和准确的糖基化位点信息,一站式实现抗体糖基化定性定量分析。
软件利用完整分子量解卷积算法,得到准确的分子量。测量结果可以用于验证测序组装结果的准确性,并从N端,C端,糖基化修饰等角度来注释分子量的结果。
软件为每个PSM赋予局部置信度(CAA)分数,为序列拼接过程中多肽的选择提供更可靠的确证;支持用户手动挑选代表性肽段,让序列拼接更精准、更可控。
用户可通过选择3个或更多的氨基酸,在“查找同源序列”中显示任何可以映射到该区域的多肽序列用于同源序列替换。
备选多肽序列按氨基酸局部置信度评分进行颜色编码,快速评估结果质量。用户可以选择待编辑的氨基酸,修改序列并保存,将在第二轮序列组装后,生成一个新的测序结果节点。
算法
PEAKS®AB软件可以利用正交设计的多酶联合酶解的抗体/蛋白,通过高分辨率LC-MS/MS获得的数据集,直接对抗体/蛋白进行序列分析。
首先进行肽段的de novo sequencing,随后将可信度高的序列标签自动组装成抗体/蛋白序列。
报告生成
- 抗体样品描述
- 缩略词说明
- 实验流程
- 抗体轻/重链信息:氨基酸序列;蛋白/抗体序列全覆盖的peptide mapping;可视化覆盖可变区的代表型肽段;区分Ile/Leu
- 一键导出Glycan Profiling聚糖分析报告
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