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PEAKS® GlycanFinder 是一款具有糖结构分辨的，用于深入分析基于LC-MS/MS数据的糖蛋白质组学和糖组学的综合性软件。
Glycan de novo 辅助搜库提升糖蛋白组分析灵敏度
PEAKS® GlycanFinder 独有的聚糖从头测序辅助数据库搜索（Glycan De Novo Assisted Database Search）工作流，将聚糖从头测序与糖肽数据库搜索深度整合，在大幅提升糖肽鉴定灵敏度的同时，可发掘数据库未收录的全新糖肽。该流程通过两种独立方法对每一张二级质谱谱图进行双重评估，既提升了鉴定结果的置信度，也拓展了糖蛋白质组的覆盖深度，同时支持基于糖组成与糖链结构的两种解析模式。
此外，PEAKS® GlycanFinder使用Charge Lookup策略提升糖肽定量分析的重现性，即使有些Feature存在MS2谱图缺失，也能确保所有检测到的糖肽Feature参与计算。
图2 Charge Lookup
具有结构分辨的聚糖鉴定
PEAKS® GlycanFinder 支持基于糖组成和糖结构两种方式的谱图分析。在基于糖链结构进行的糖肽鉴定结果中，S-Score (%) 表示所选糖肽结构与其他具有相同组成但结构不同的异构糖链候选物相比，其碎片离子支持程度的强弱，分数越大表示谱图证据越充分。
图3 排名前2位的糖结构谱图对照视图
多个O糖基化位点分析
完整糖肽数据库搜索支持自定义每条糖肽上O糖的位点数，最多可设置5个，实现准确的复杂糖肽鉴定和糖基化位点定位。
图4 复杂O糖的鉴定结果示例
配对谱图支持
对于HCD-pd-EThcD混合谱数据分析，可实现糖链结构与糖基化位点的高置信度鉴定。PEAKS® GlycanFinder 可分别显示同一条糖肽的HCD和EThcD的注释谱图，便于用户直观解析鉴定结果。
图5 HCD-pd-EThcD混合谱结果展示
聚糖修饰分析
糖链修饰（如磷酸化）可增加糖肽的多样性，并可能作为疾病的信号分子。PEAKS® GlycanFinder可对具有多种糖链修饰的糖肽和释放的游离糖链进行全面分析。
图6 糖链修饰鉴定结果示例
InChorus功能-跨软件结果比对
在糖蛋白质组学研究中，不同分析软件对糖肽的鉴定结果往往存在差异，这会导致注释结果不一致或模糊不清。
升级后的InChorus功能可以整合多个搜索软件的糖肽鉴定结果，同时高亮展示多搜索引擎共识鉴定与单搜索引擎独有发现的糖肽。InChorus可自动提取外部搜索引擎输出结果中的糖肽谱图匹配数据（GlycoPSM），在单张谱水平上直观展示每个PSM的重叠情况，并提供一个共识评分，用于衡量糖肽-谱图匹配结果在多搜索引擎间的一致性与置信度。
图7 跨软件结果同时可视化展示
糖肽和糖蛋白定量
Quantification功能模块可以进行完整糖肽和糖蛋白的可靠鉴定和定量，支持非标记和报告离子定量方法。
>非标记定量（LFQ）：基于不同样本中肽段特征峰的相对丰度进行定量，并通过Match Between Runs对不同样本中同一肽段的特征峰进行匹配。
>报告离子定量（RIQ）：基于不同标签产生的报告离子信号强度实现相对定量，支持商业化试剂iTRAQ/TMT或用户自定义标签。
游离糖分析工作流
PEAKS® GlycanFinder其他特色
Glycan Network展示了各种糖型之间的关联，每条边连接的两个糖之间仅有一个糖单元组成不同，因此可将具有共同核心结构的、末端不同的糖全面可视化。使用户能够清晰观察各糖链从共同核心结构向外延伸的糖基化分支模式。
支持用户自定义糖库
糖数据库编辑器通过直观的用户界面，使用户能够创建自己的糖库。用户可通过绘图板添加、编辑和修改糖结构，并轻松将其导入软件中。
图17 糖库编辑器
仪器商中立
为了实现最佳的糖肽识别性能，PEAKS® GlycanFinder通过集成针对不同碎裂方法训练的优化算法，支持多种仪器原始数据的直接读取和分析。
GlycanFinder功能亮点
- 整合糖蛋白组和糖组学的解决方案-完整糖肽和游离糖的定性定量
- 具备结构分辨的N糖谱和O糖谱深度表征-优化的糖组学和糖蛋白组的可信糖结构分析。支持同一糖肽上多个O聚糖的检索和谱图配对，提升糖肽鉴定深度和可信度。
- 准确而灵活的发现和靶向定量方法-支持完整糖肽的非标记和标记定量，支持PRM靶向定量方法
- 糖的从头测序-发现新的糖
- Glycan de novo 辅助的糖蛋白组数据库搜索-糖链从头测序辅助的肽段数据库搜索极大地提升糖肽鉴定的灵敏度，助力发现新糖肽 New！
- Glycosylated Peptidome-不依赖数据库发现全新的HLA肽段糖基化位点 New！
- InChorus功能升级，跨软件结果比对兼容度更高-整合外部软件糖肽鉴定结果，可视化呈现共识结果与独特糖肽，支持直观筛选与导出New！
- Glycan Network-破译功能性糖基的关联
- 糖链修饰-支持用户自定义设置糖链上指定单糖的修饰基团
- 交互式可视化和报告导出-优化的图形用户界面（GUI），方便用户实现一系列验证、数据查看和导出结果的需求
- 仪器商中立-支持Orbitrap, timsTOF和zenoTOF数据
Glycan de novo 辅助搜库提升糖蛋白组分析灵敏度
PEAKS® GlycanFinder 独有的聚糖从头测序辅助数据库搜索（Glycan De Novo Assisted Database Search）工作流，将聚糖从头测序与糖肽数据库搜索深度整合，在大幅提升糖肽鉴定灵敏度的同时，可发掘数据库未收录的全新糖肽。该流程通过两种独立方法对每一张二级质谱谱图进行双重评估，既提升了鉴定结果的置信度，也拓展了糖蛋白质组的覆盖深度，同时支持基于糖组成与糖链结构的两种解析模式。
图1 从头测序辅助完整糖肽分析工作流
此外，PEAKS® GlycanFinder使用Charge Lookup策略提升糖肽定量分析的重现性，即使有些Feature存在MS2谱图缺失，也能确保所有检测到的糖肽Feature参与计算。
图2 Charge Lookup
具有结构分辨的聚糖鉴定
PEAKS® GlycanFinder 支持基于糖组成和糖结构两种方式的谱图分析。在基于糖链结构进行的糖肽鉴定结果中，S-Score (%) 表示所选糖肽结构与其他具有相同组成但结构不同的异构糖链候选物相比，其碎片离子支持程度的强弱，分数越大表示谱图证据越充分。
图3 排名前2位的糖结构谱图对照视图
多个O糖基化位点分析
完整糖肽数据库搜索支持自定义每条糖肽上O糖的位点数，最多可设置5个，实现准确的复杂糖肽鉴定和糖基化位点定位。
图4 复杂O糖的鉴定结果示例
配对谱图支持
对于HCD-pd-EThcD混合谱数据分析，可实现糖链结构与糖基化位点的高置信度鉴定。PEAKS® GlycanFinder 可分别显示同一条糖肽的HCD和EThcD的注释谱图，便于用户直观解析鉴定结果。
图5 HCD-pd-EThcD混合谱结果展示
聚糖修饰分析
糖链修饰（如磷酸化）可增加糖肽的多样性，并可能作为疾病的信号分子。PEAKS® GlycanFinder可对具有多种糖链修饰的糖肽和释放的游离糖链进行全面分析。
图6 糖链修饰鉴定结果示例
InChorus功能-跨软件结果比对
在糖蛋白质组学研究中，不同分析软件对糖肽的鉴定结果往往存在差异，这会导致注释结果不一致或模糊不清。
升级后的InChorus功能可以整合多个搜索软件的糖肽鉴定结果，同时高亮展示多搜索引擎共识鉴定与单搜索引擎独有发现的糖肽。InChorus可自动提取外部搜索引擎输出结果中的糖肽谱图匹配数据（GlycoPSM），在单张谱水平上直观展示每个PSM的重叠情况，并提供一个共识评分，用于衡量糖肽-谱图匹配结果在多搜索引擎间的一致性与置信度。
图7 跨软件结果同时可视化展示
糖肽和糖蛋白定量
Quantification功能模块可以进行完整糖肽和糖蛋白的可靠鉴定和定量，支持非标记和报告离子定量方法。
>非标记定量（LFQ）：基于不同样本中肽段特征峰的相对丰度进行定量，并通过Match Between Runs对不同样本中同一肽段的特征峰进行匹配。
>报告离子定量（RIQ）：基于不同标签产生的报告离子信号强度实现相对定量，支持商业化试剂iTRAQ/TMT或用户自定义标签。
游离糖分析工作流
01--游离糖定性分析
用户可以通过PEAKS® GlycanFinder的Glycomics Analysis工作流深度分析游离糖的质谱数据，软件内置一些常见聚糖的修饰、全甲基化，也支持用户自定义修饰，支持NH4、Na、K加和离子的设置。
此外，PEAKS® GlycanFinder支持糖的crossing ring碎片离子注释，因此使得糖谱注释和鉴定更加准确。
图10 含Na加合物的游离糖鉴定
图11 带有修饰的糖链鉴定
02--游离糖的报告离子定量
报告离子定量使得游离糖的定量更加准确，提升了糖定量的灵敏性和重现性，为不同样本间糖的组成和含量变化研究提供更加可靠的数据支持。同时，也可以设置糖链上的其他修饰基团。
图12 Released Glycan的RIQ结果
Glycan De Novo-未知蛋白的未知糖谱分析 NEW!
Glycosylated Peptidome是PEAKS® GlycanFinder全新独创的分析工作流，无需依赖任何糖库，即可表征免疫肽组学中的全新聚糖。
针对一项乳腺癌细胞系doxorubicin耐药性研究的数据，使用PEAKS® GlycanFinder进行重分析，结果中验证了该N-糖基化肽段的鉴定，该糖肽可能作为耐药性研究的潜在生物标志物。
图14 HLA糖肽案例
PRM靶向定量分析
PRM工作流可实现糖肽的靶向定量分析，根据用户自定义的transition list，提供目标糖肽的定量结果和MS2谱图注释。
图15 糖肽靶向定量结果
用户可以通过PEAKS® GlycanFinder的Glycomics Analysis工作流深度分析游离糖的质谱数据，软件内置一些常见聚糖的修饰、全甲基化，也支持用户自定义修饰，支持NH4、Na、K加和离子的设置。
图9 游离糖分析工作流设置
此外，PEAKS® GlycanFinder支持糖的crossing ring碎片离子注释，因此使得糖谱注释和鉴定更加准确。
图10 含Na加合物的游离糖鉴定
图11 带有修饰的糖链鉴定
02--游离糖的报告离子定量
报告离子定量使得游离糖的定量更加准确，提升了糖定量的灵敏性和重现性，为不同样本间糖的组成和含量变化研究提供更加可靠的数据支持。同时，也可以设置糖链上的其他修饰基团。
图12 Released Glycan的RIQ结果
Glycan De Novo-未知蛋白的未知糖谱分析 NEW!
Glycosylated Peptidome是PEAKS® GlycanFinder全新独创的分析工作流，无需依赖任何糖库，即可表征免疫肽组学中的全新聚糖。
图13 免疫肽组学中Glycan De Novo分析流程
针对一项乳腺癌细胞系doxorubicin耐药性研究的数据，使用PEAKS® GlycanFinder进行重分析，结果中验证了该N-糖基化肽段的鉴定，该糖肽可能作为耐药性研究的潜在生物标志物。
图14 HLA糖肽案例
PRM靶向定量分析
PRM工作流可实现糖肽的靶向定量分析，根据用户自定义的transition list，提供目标糖肽的定量结果和MS2谱图注释。
图15 糖肽靶向定量结果
PEAKS® GlycanFinder其他特色
Glycan Network-破译功能性糖链间的相互关联
Glycan Network展示了各种糖型之间的关联，每条边连接的两个糖之间仅有一个糖单元组成不同，因此可将具有共同核心结构的、末端不同的糖全面可视化。使用户能够清晰观察各糖链从共同核心结构向外延伸的糖基化分支模式。
图16 聚糖网络图
支持用户自定义糖库
糖数据库编辑器通过直观的用户界面，使用户能够创建自己的糖库。用户可通过绘图板添加、编辑和修改糖结构，并轻松将其导入软件中。
图17 糖库编辑器
仪器商中立
为了实现最佳的糖肽识别性能，PEAKS® GlycanFinder通过集成针对不同碎裂方法训练的优化算法，支持多种仪器原始数据的直接读取和分析。
作为生物信息学的领军企业，BSI专注于蛋白质组学和生物药领域，通过机器学习和先进算法提供世界领先的质谱数据分析软件和蛋白质组学服务解决方案，以推进生物学研究和药物发现。我们通过基于AI的计算方案，为您提供对蛋白质组学、基因组学和医学的卓越洞见。旗下著名的PEAKS®️系列软件在全世界拥有数千家学术和工业用户，包括：PEAKS®️Studio，PEAKS®️Online，PEAKS®️GlycanFinder, PEAKS®️AB，ProteoformXTM,DeepImmu®️免疫肽组发现服务和抗体综合表征服务等。
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