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PEAKS® Online 是一款专为高通量、多用户打造，具有超高计算性能的蛋白组质谱数据全流程自动化实时分析软件。
最新升级的PEAKS® Online 针对数据依赖采集（DDA）与数据非依赖采集（DIA）分析工作流完成了全新重构，搭载优化升级算法，打造更简洁易用的分析流程。软件界面全面焕新，数据处理与系统运行稳定性大幅提升，简化参数配置步骤，助力科研人员实现更高水准的蛋白质组学解析。软件符合CFR数据管理规范，可在临床、工业全场景下保障数据完整性和安全性，并
完成监管审计前置筹备工作。
PEAKS® Online 13.5 还搭载两大特色工作流：大队列自动化分析与实时质控工作流，配套一体化操作界面，可实现质谱仪器原始数据全自动导入解析，并同步开展实时数据质量评估。
多用户并行的高通量大规模数据处理
软件概览
高通量与扩展性
PEAKS® Online是一款专为大规模项目与多用户场景设计的蛋白质组学数据分析平台，支持不同项目或同一项目下不同数据的平行运算。通过灵活添加工作节点与数据库节点，系统可实现垂直扩展（提升单节点性能）和水平扩展（增加节点数量），从而满足不断增长的计算需求。
双界面设计
Proteome工作流能够支持传统的蛋白质组学、多肽组学数据定性和定量分析，结果聚焦于蛋白质水平。而Peptidome工作流利用基于 DeepNovoTM深度学习算法的从头测序技术，结合多肽数据库搜索与序列变异分析，实现肽段水平的深度挖掘分析，主要应用于分析免疫肽组学。
用户可通过选择运行或修改特定分析节点，定制专属分析工作流。分析结果将以直观的结果节点形式展示，便于用户解读、探索和验证数据。
大队列自动化分析
PEAKS® Online提供一套自动化、实时的蛋白质组数据分析流程，配套可视化全局仪表盘，实时展示队列总样本量、处理中、待排队和失败样本数量。Instrument Daemon程序可以实时对接质谱仪器，自动识别原始文件命名规则，自动拆分样本和质控样本信息，仪器每完成一针数据采集，系统立刻自动加载、解析、搜库，真正实现“边采集、边分析”，彻底消除数据处理的滞后性。
个性化管理系统
系统管理员可以总体控制用户间的协作，实现工作流、数据库、翻译后修饰(PTM)、定量方法及项目共享的标准化管理。利用工作节点监控器和主节点监控器，轻松实时监控任务进度与交互动态。
支持多用户同时访问与使用PEAKS® Online服务器，管理员可轻松管理普通用户账户的授权。
PEAKS DeepNovoTM 多肽组学
DeepNovoTM多肽组工作流通过整合全面的基因数据库，弥合蛋白质组学与基因组学之间的研究鸿沟。
DDA Peptidome 工作流支持非经典参考序列，能够鉴定标准经典参考数据库中常被遗漏的变异肽段和修饰肽段。
DIA Peptidome 工作流现已支持谱库与靶向肽段列表功能，可针对样本中预期存在的目标肽段的精准检索。
PEAKS®自研的Open PTM检索算法，为未知翻译后修饰（PTM）鉴定提供高效、高灵敏度、无偏的完整解决方案，兼容各类实验方案，覆盖多种酶切模式与同位素标记类型
定量分析
PEAKS® Q 助力精准发现蛋白质表达变化。用户可针对样本间肽段/蛋白质的表达丰度差异进行深入分析，为 DDA 与 DIA 工作流提供精准可靠的定量分析结果。
您想了解 PEAKS® Online 13.5 的功能和应用，可联系我们，预约一对一的详细的产品介绍。
作为生物信息学的领军企业，BSI专注于蛋白质组学和生物药领域，通过机器学习和先进算法提供世界领先的质谱数据分析软件和蛋白质组学服务解决方案，以推进生物学研究和药物发现。我们通过基于AI的计算方案，为您提供对蛋白质组学、基因组学和医学的卓越洞见。旗下著名的PEAKS®️系列软件在全世界拥有数千家学术和工业用户，包括：PEAKS®️Studio，PEAKS®️Online，PEAKS®️GlycanFinder, PEAKS®️AB，ProteoformXTM,DeepImmu®️免疫肽组发现服务和抗体综合表征服务等。
最新升级的PEAKS® Online 针对数据依赖采集（DDA）与数据非依赖采集（DIA）分析工作流完成了全新重构，搭载优化升级算法，打造更简洁易用的分析流程。软件界面全面焕新，数据处理与系统运行稳定性大幅提升，简化参数配置步骤，助力科研人员实现更高水准的蛋白质组学解析。软件符合CFR数据管理规范，可在临床、工业全场景下保障数据完整性和安全性，并
完成监管审计前置筹备工作。
PEAKS® Online 13.5 还搭载两大特色工作流：大队列自动化分析与实时质控工作流，配套一体化操作界面，可实现质谱仪器原始数据全自动导入解析，并同步开展实时数据质量评估。
软件功能特点
多用户并行的高通量大规模数据处理
- 软件界面友好易用，支持创建并保存工作流、搜索参数及数据库以适配常规分析场景，同时可通过管理权限控制协同团队工作、分析方法配置以及项目共享的标准化管理。
- 配套可视化仪表盘，可自动化实时展示数据分析流程和样本状态。实时自动对接质谱上传数据，自动拆分样本与质控样本信息，并完成同步解析，消除数据处理的滞后性。
- 提供实时质控和样本快照分析，可自动完成质控筛查、异常预警与质谱采集波动监测。支持选取部分数据做预分析，快速验证论点，大幅提升大队列分析效率。
全新的GUI界面
- 功能详尽且易于操作的GUI用户界面便于查看、筛选和验证分析结果。
- 原始数据可视化呈现，用于评估每个数据文件的总离子流色谱图(TIC)、质谱扫描(MS)和串联质谱扫描(MS/MS)。
多肽与蛋白鉴定
- 搭载深度学习技术的从头测序辅助数据库搜索将肽段鉴定效率最大化。
- PEAKS® PTM 支持自定义指定关注的修饰类型，支持但不限于300余种天然翻译后修饰。此外全新的 Open PTM 算法可无偏表征未知修饰，并能适配各类实验方案。
- SPIDER功能支持序列变异体搜索。
- 优化后的DeepNovoTM免疫肽组学分析工作流整合了经典与非经典数据库搜索、同源搜索及DeepNovoTM从头测序，实现FDR精准质控的HLA肽组学分析。
卓越的定量分析
- 支持标记和非标记定量。
- 定量分析结果可展示热图、火山图、相关性图和提取离子色谱图(XIC)等。
仪器厂商中立
- 针对每种质谱仪和碎裂方式进行精细的算法优化，确保最佳的准确性与灵敏度。
- 支持离子淌度数据分析：timsTOF、FAIMS。
软件概览
- 软件系统配置
高性能计算的分布式系统
PEAKS® Online用最新分布式计算技术，为多用户并行使用提供高通量运算。系统以Master为核心，负责接收来自客户端的计算请求，并将计算任务分配给Worker。Worker执行实际的数据处理与计算任务，确保系统高效运行。
高通量与扩展性
PEAKS® Online是一款专为大规模项目与多用户场景设计的蛋白质组学数据分析平台，支持不同项目或同一项目下不同数据的平行运算。通过灵活添加工作节点与数据库节点，系统可实现垂直扩展（提升单节点性能）和水平扩展（增加节点数量），从而满足不断增长的计算需求。
双界面设计
PEAKS® Online的双接口模式允许用户将其集成在任意已有的蛋白质组数据分析工作流中。Web客户端界面提供了一个可视化的交互界面，在此设置和提交项目，并查看和验证结果。命令行（CLI）方式可集成在现有的工作流程中，实现自动化的一站式数据处理。
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| 浏览器可视化客户端 | 命令行客户端 |
| 访问管理工具 设置、查看、共享分析结果 监测分析进程，修改权限 支持任意操作系统 |
自动化数据批处理 定义工作流 易于整合到现有数据流程中 减少人工处理 |
- 一站式DDA和DIA蛋白质组学/多肽组学工作流
Proteome工作流能够支持传统的蛋白质组学、多肽组学数据定性和定量分析，结果聚焦于蛋白质水平。而Peptidome工作流利用基于 DeepNovoTM深度学习算法的从头测序技术，结合多肽数据库搜索与序列变异分析，实现肽段水平的深度挖掘分析，主要应用于分析免疫肽组学。
用户可通过选择运行或修改特定分析节点，定制专属分析工作流。分析结果将以直观的结果节点形式展示，便于用户解读、探索和验证数据。
大队列自动化分析
PEAKS® Online提供一套自动化、实时的蛋白质组数据分析流程，配套可视化全局仪表盘，实时展示队列总样本量、处理中、待排队和失败样本数量。Instrument Daemon程序可以实时对接质谱仪器，自动识别原始文件命名规则，自动拆分样本和质控样本信息，仪器每完成一针数据采集，系统立刻自动加载、解析、搜库，真正实现“边采集、边分析”，彻底消除数据处理的滞后性。
个性化管理系统
系统管理员可以总体控制用户间的协作，实现工作流、数据库、翻译后修饰(PTM)、定量方法及项目共享的标准化管理。利用工作节点监控器和主节点监控器，轻松实时监控任务进度与交互动态。
支持多用户同时访问与使用PEAKS® Online服务器，管理员可轻松管理普通用户账户的授权。
PEAKS DeepNovoTM 多肽组学
DeepNovoTM多肽组工作流通过整合全面的基因数据库，弥合蛋白质组学与基因组学之间的研究鸿沟。
DDA Peptidome 工作流支持非经典参考序列，能够鉴定标准经典参考数据库中常被遗漏的变异肽段和修饰肽段。
DDA Peptidome
DIA Peptidome 工作流现已支持谱库与靶向肽段列表功能，可针对样本中预期存在的目标肽段的精准检索。
DIA Peptidome
DIA 蛋白质组工作流新升级
PEAKS®为DIA数据分析提供了稳健的解决方案。首先，系统可选择性地对预先构建的谱图库进行匹配搜索。通过估算假阳性率 (FDR)，将通过筛选的肽段结果保留。未能在FDR阈值范围内匹配到肽段的MS/MS谱图将进入直接数据库搜索阶段，高置信度的数据库匹配结果将与谱图库分析结果整合。随后，数据库搜索中未能匹配的谱图将通过从头测序(de novo sequencing) 进行分析。通过ALC打分阈值的肽段可以进一步提交至SPIDER算法进行后续突变分析。
PEAKS®为DIA数据分析提供了稳健的解决方案。首先，系统可选择性地对预先构建的谱图库进行匹配搜索。通过估算假阳性率 (FDR)，将通过筛选的肽段结果保留。未能在FDR阈值范围内匹配到肽段的MS/MS谱图将进入直接数据库搜索阶段，高置信度的数据库匹配结果将与谱图库分析结果整合。随后，数据库搜索中未能匹配的谱图将通过从头测序(de novo sequencing) 进行分析。通过ALC打分阈值的肽段可以进一步提交至SPIDER算法进行后续突变分析。
Open PTM搜索
PEAKS®自研的Open PTM检索算法，为未知翻译后修饰（PTM）鉴定提供高效、高灵敏度、无偏的完整解决方案，兼容各类实验方案，覆盖多种酶切模式与同位素标记类型
序列变体分析
通过PEAKS®的SPIDER 算法挖掘序列变异体，依托从头测序 (de novo sequencing) 发现新型肽段。
通过PEAKS®的SPIDER 算法挖掘序列变异体，依托从头测序 (de novo sequencing) 发现新型肽段。
定量分析
PEAKS® Q 助力精准发现蛋白质表达变化。用户可针对样本间肽段/蛋白质的表达丰度差异进行深入分析，为 DDA 与 DIA 工作流提供精准可靠的定量分析结果。
- 实时质量控制功能
PEAKS® Online为大队列结果分析设计了独特的实时质控分析功能：可根据用户自定义的字段自动识别质控样本并完成筛查，完整可视化界面展示项目全部分析节点。所有样本肽段丰度相关性、定量箱线图实时刷新，异常样本直接标红预警，比如样本加载失败、鉴定率过低等问题，实验中途就能快速定位，全程监测质谱采集周期内的实验技术波动。此外，可以选择部分数据预先进行定性、定量快照分析，通过snapshot分析结果快速验证研究论点，大幅加快大队列数据集的分析效率。
您想了解 PEAKS® Online 13.5 的功能和应用，可联系我们，预约一对一的详细的产品介绍。
作为生物信息学的领军企业，BSI专注于蛋白质组学和生物药领域，通过机器学习和先进算法提供世界领先的质谱数据分析软件和蛋白质组学服务解决方案，以推进生物学研究和药物发现。我们通过基于AI的计算方案，为您提供对蛋白质组学、基因组学和医学的卓越洞见。旗下著名的PEAKS®️系列软件在全世界拥有数千家学术和工业用户，包括：PEAKS®️Studio，PEAKS®️Online，PEAKS®️GlycanFinder, PEAKS®️AB，ProteoformXTM,DeepImmu®️免疫肽组发现服务和抗体综合表征服务等。
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