讲座:ADC Builder构建不同偶联位点与DAR的ADC结构

换一个偶联位点，重新搭建一个模型；换一组位点，再重复一遍。

如果还要比较不同DAR、不同linker–payload组合，需要手工构建多少个ADC结构？

对于开展ADC结构研究的研发人员来说，困难不仅是“如何建出一个模型”，更是：

怎样把一系列设计方案，高效地变成可供分析的三维结构？

设计空间很大，重复操作不该占据大量时间。

换一个偶联位点，重新搭建一个模型；换一组位点，再重复一遍。

ADC由抗体Antibody、连接段Linker和载荷Payload组成，但一个具体的ADC模型，还需要明确载荷接在哪里、接多少，以及连接后的空间构象。

当研究从单个方案扩展到多个候选方案时，建模工作也随之增加：

选择偶联残基、接入linker–payload、处理局部结构、检查空间冲突，再保存结果。换一个位点组合，又要重复这些操作。

我们真正需要的，是让程序承担重复建模工作，让研发人员把时间放在方案设计和结果判断上。

ADC Builder：从逐个搭建，到批量生成

本次讲座将介绍基于MOE全新开发的ADC Builder，展示如何将抗体结构与linker–payload组合起来，批量构建不同偶联位点和DAR的ADC结构。

整个流程包含四个环节：

① 生成偶联后的非天然氨基酸：利用化学反应规则，将氨基酸与linker–payload连接，生成用于后续建模的非天然氨基酸（NNAA）。新的反应规则还可通过RXN文件扩展。

② 建立侧链构象库：对NNAA进行构象搜索，为柔性的连接段和载荷准备可用于结构嵌入的构象。

③ 准备抗体结构：获得并准备抗体起始结构，明确需要研究的偶联位点。

④ 自动构建ADC变体：在指定位置进行NNAA替换和构象嵌入，生成不同偶联组合的ADC模型，并集中输出为MOE结构数据库。

关键变化是：研究人员定义建模方案，程序批量执行重复操作。

选定一组位点，能生成多少种方案？

以8个可独立选择的偶联位点为例，每个位点都有“偶联”或“不偶联”两种状态，理论上可枚举 256种位点组合，其中包含未偶联的参考结构。

如果将4组预定义的成对位点作为选择单元，则对应 16种组合，形成偶数DAR的代表性结构方案。

这些数字背后的价值，是将原本需要逐个处理的组合，转化为可以自动枚举、批量构建的建模任务。

当然，枚举出的结构候选并不意味着每种方案都具有相同的实验可行性。批量建模首先解决的是“把方案建出来”，为后续比较建立结构基础。

生成的ADC变体可以保存为MOE结构数据库，将三维结构与位点信息、DAR等字段关联起来，便于浏览、管理和后续计算。

这意味着，研究人员不必停留在分散的单个模型上，而可以围绕一组设计方案，系统开展结构比较。

结构库建好之后，还能回答哪些问题？

▶ 同样的DAR，换一个偶联位置，表面性质会不会不同？

▶ 连接在不同位置的载荷，运动方式是否一样？

▶ 连接在不同位置的载荷，运动方式是否一样？

我们将在讲座中结合案例展开。

本次ADC Builder专题讲座，将重点介绍：

• 从反应规则和构象库出发，完成ADC结构构建的流程；

• 如何定义偶联位点，批量生成不同位点与DAR组合；

• 结构数据库的输出，以及后续分析案例。

如果你正在研究多种ADC偶联方案，希望减少重复搭建模型的工作，欢迎参加。

让程序解放双手，把时间留给设计

讲座时间：

11月12日(周四) 15:00-16:00

报名方式：

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