跨越纬度突破精度! 斑马鱼和10x Genomics深化合作

10x Genomics 三大技术解锁生物学全领域

10x Genomics单细胞、空转、原位三大技术总览

Chromium单细胞解决方案

优势方案

检测通量更大, 可并行运行最多8个样本，每个通道500-2万细胞(或细胞核); 细胞捕获率高达80%、 双细胞率低至0.4%双细胞率/1000个细胞。

样品(包括全血)先固定保存, 后续再决定用哪些样本。每个通道最多批处理16个样本(混样)和128000个细胞。兼容FFPE样品、新鲜或PFA固定的组织、细胞和细胞核样品。

Visium HD -高清晰度探索空间全转录组

Visium HD  单细胞水平全转录组

• 人和小鼠的空间全转录组分析

• 高质量数据: 针对每个基因设计3组 RNA 模板连接（RTL）探针组，确保高灵敏度和高特异性; 精确的仪器驱动双识别区域探针捕获

• 单细胞水平：由2μm条形码方块无缝连接组成连续的6.5 mm网格

• 检测通量:  捕获区域6.5 mm X 6.5 mm X 2(每张芯片)或11 mm X 11 mm X 2(每张芯片)

• 广泛的组织兼容性: 无需对不同组织做优化

• CytAssist:

  −无需修片

  −精准的转录本定位和捕获

  −灵活的组织切片区域选择

  −广泛的可及性：新制备的组织切片或已存档的FFPE、H&E染色载玻片

  −降低实验难度, 避免组织贴片导致的样品损失和实验失败

• 经验证的FFPE(20+种组织验证)、新鲜冷冻(7种组织验证)或固定冷冻组织(5种组织验证)样品实验方案

• 增强的组织形态学：在同一切片上进行H&E或IF染色

• 强大的分析和可视化: Space Ranger & Loupe Browser

Xenium in Situ  亚细胞水平的精确转录组信息与组织形态学的

结合

一张切片, 一个panel 实现小鼠全组织分析(~1.4 M cells and ~177 M transcripts)

目标基因精准的亚细胞定位揭示组织局部的细胞信息

Xenium in Situ  高通量、高分辨率、简单易用

• 灵活的预制panel和可定制化panel检测, 兼容FF和FFPE样本

  −11个经过高度优化和验证的248-5006个基因的组织特异性或多组织panel (可增加定制多达100个靶标)

  −或50-480个基因的独立全定制

  −或不同物种、异构体/基因异位、异体移植物、外源序列、SNVs和TCR/BCR Profiling的高级定制

• 挂锁探针化学设计, 四步验证, 可实现与单细胞测序相当的高灵敏度, 可靠地捕获短基因和降解的FFPE转录物

• 精确的细胞分割: 利用多个形态特征(细胞膜、细胞核、细胞内容物RNA核细胞内容物蛋白)和专门设计的算法, 实现数据驱动且高度可信的转录本-细胞分配, 适用于所有组织的相同染色方法和protocol。

• 简单的工作流程: 从切片到上机检测只需2.5天时间（包括细胞分割染色），其中湿实验4-5小时

• 大的可分析区域和快速的运行时间: 10.5 X 22.5 mm X 2捕获区域, v1需要2.6天，5k 不到六天的运行时间

• 无需根据组织类型优化样品制备, 在广泛的组织/细胞类型中表现良好的准确

• 非破坏性的实验流程：能够在同一部分上运行多个分析（如IF、H&E和Visium HD）

• 强大直观的可视化分析: Xenium运行完成后，立即对每张组织切片的每个成像区域进行直观的数据可视化, 开放文件格式兼容众多第三方工具。

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