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文献集可下载-中科新生命2022年高分项目文章精选
点击次数:383 发布日期:2023-1-17  来源:中科新生命
文献集可下载,附文章解读 | 中科新生命2022年高分项目文章精选


时光荏苒,不知不觉,2022年已渐行渐远。虽有疫情反复肆虐,但科学领域仍百花齐放,成绩斐然,多篇蛋白质组学、代谢组学相关的研究成果见刊于各类SCI高分期刊,不断推进着生命科学与精准医学领域蓬勃发展。

中科新生命一直深耕于蛋白质组、代谢组、转录组、微生物组及多组学联合技术服务,也非常荣幸参与了多项科研工作的组学分析部分。据不完全统计,中科新生命2022年12月又收录客户文章39篇,至此,2022年全年共收录到客户项目文章567篇,其中包括Nature,Cell Research、Molecular Cancer、Signal Transduction and Targeted Therapy,Cell Host & Microbe、Nature Biomedical Engineering、Blood、Journal of Medical Virology等在内的20分以上的文章共计11 篇Nature metabolism、Nature Communications,The Journal of Clinical Investigation,Advanced Science等等在内的10分-20分的文章共计83 篇累计影响因子4100+,平均影响因子7.77分,硕果累累!在此恭喜各位研究团队的老师。

2022年收录的文章涉及多个研究领域和方向,其中所应用到的中科新生命的组学产品包括:蛋白组学、修饰组学、代谢组学、高通量测序和多组学联合分析等。由于高分文章较多,在此就不一一列举了。我们从中筛选出了部分高分文章(附:文章解读)与大家一起分享,希望能给各位老师今后的科研计划提供一些思路和帮助(以下文章按中科新生命提供的技术服务类别进行分类)。

 

01蛋白篇

# 01

文献名称NLRs guard metabolism to coordinate pattern- and effector-triggered immunity

发表期刊:Nature

影响因子:69.504

合作单位:中国科学院分子植物科学卓越创新中心

中科新生命提供的服务内容:TMT蛋白质组学+泛素化蛋白鉴定

主要内容:本研究综合利用蛋白质组学、植物病理、分子遗传等策略,鉴定到一条新的植物免疫代谢通路:PICI1—OsMETS—蛋氨酸—乙烯。证明去泛素化酶PICI1作为一个新的免疫调控蛋白,通过增强蛋氨酸合酶OsMETS的稳定性,促进蛋氨酸介导乙烯代谢通路,参与水稻对抗病原菌的过程中,并且证明该途径是植物协同整合PTI和ETI两层免疫系统的重要策略之一,为水稻抗病育种提供新策略。

文章解读链接:项目文章Nature(IF 49.962)| 植物和病原菌“军备竞赛”! 为水稻抗病育种带来新突破

 

# 02

文献名称NUPR1 promotes the proliferation and metastasis of oral squamous cell carcinoma cells by activating TFE3-dependent autophagy

发表期刊:Signal Transduction and Targeted Therapy

影响因子:38.104

合作单位:上海交通大学/浙江大学/陆军军医大学

中科新生命提供的服务内容:Labelfree蛋白质组学+TMT蛋白质组学

主要内容:该研究使用Labelfree定量蛋白组学方法分析显示,核蛋白 1 (NUPR1) 是有或无淋巴转移OSCC患者的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肿瘤样本中最显著上调的蛋白,NUPR1 在 OSCC 组织中异常表达,可能与 OSCC 患者的总体存活率较低。此外该研究使用TMT标记定量蛋白组学方法分析显示NUPR1通过直接增加转录因子E3 (TFE3)活性来维持自噬流和溶酶体功能,进而促进 OSCC 细胞增殖和体内外转移。本研究中NUPR1-TFE3介导的自噬过程为靶向OSCC进展的药物治疗提供了潜在的治疗靶点。

文章解读链接:项目文章STTT (IF 18) | 上海交大、浙大、陆军军医大利用蛋白组学协力揭示自噬在口腔鳞状细胞癌转移中的机制

 

# 03

文献名称CB1R-stabilized NLRP3 inflammasome drives antipsychotics cardiotoxicity

发表期刊:Signal Transduction and Targeted Therapy

影响因子:38.104

合作单位:复旦大学

中科新生命提供的服务内容:Labelfree蛋白质组学

主要内容:该文章利用Labelfree蛋白组学、RNA测序等方法发现NLRP3 炎症小体介导的细胞焦亡主要与多种抗精神病药物的心脏毒性有关,且发现大麻素受体 1 (CB1R) 是NLRP3 炎性体的上游调节剂。此外,筛选到了安全、低毒的CB1R拮抗剂作为药物毒性的联合治疗策略。

文章解读链接:项目文章STTT | 复旦大学利用Labelfree蛋白组学技术解析抗精神病药物的心脏毒性机制

 

# 04

文献名称Large extracellular vesicles secreted by human iPSC-derived MSCs ameliorate tendinopathy via regulating macrophage heterogeneity

发表期刊:Bioactive Materials

影响因子:16.874

合作单位:上海交通大学附属第六人民医院

中科新生命提供的服务内容:外泌体蛋白质组学

主要内容:文章研究了诱导性多能干细胞来源的间充质干细胞分泌的lEVs (iMSC-lEVs)在肌腱病变中的治疗作用以及iMSC-lEVs在体外对巨噬细胞极化的调节作用。通过外泌体蛋白质组学、RNA测序、蛋白免疫印迹等技术方法,研究表明iMSC-lEVs能够部分通过DUSP2和DUSP3来介导p38 MAPK信号通路,并使M1巨噬细胞向M2巨噬细胞进行极化转变,从而减轻肌腱病变中的疼痛和炎症。

文章解读链接:项目文章Bioactive Materials (IF 16.874) | 肌腱病疼痛难忍?看细胞外囊泡大显神威!

 

# 05

文献名称Quantitative proteomics and phosphoproteomics elucidate the molecular mechanism of nanostructured TiO2-stimulated biofilm formation

发表期刊:Journal of Hazardous Materials

影响因子:14.224

合作单位:湘潭大学

中科新生命提供的服务内容:蛋白质组学+磷酸化修饰组学

主要内容:尽管纳米材料和微生物之间的相互作用具有广泛的生态和健康影响,但微生物对纳米材料的适应机制仍不清楚。本研究中,在黑暗条件下暴露于nTiO2的活性污泥中形成的生物膜生物量增加,并选择性地富集病原体。蛋白质多组学分析结果表明,nTiO2胁迫进一步导致条件致病菌的铁载体过表达,通过相关转录翻译蛋白的去磷酸化增强其耐药性。nTiO2会促进生物膜的生成,提高致病菌的适应性,从而会加速生物污染,导致潜在的生态和健康风险。

文章解读链接:项目文章J Hazard Mater(IF 14)| 快速发文新思路:蛋白组+磷酸化组揭示纳米材料促进生物膜形成的机制

 

# 06

文献名称Toxicological effects of tris(1,3-dichloro-2-propyl) phosphate in oyster Crassostrea gigas using proteomic and phosphoproteomic analyses

发表期刊:Journal of Hazardous Materials

影响因子:14.224

合作单位:中科院烟台海岸带研究所

中科新生命提供的服务内容:蛋白质组学+磷酸化修饰组学

主要内容:本研究利用蛋白质组学+磷酸化修饰组学,结合生化数据和组织学结果,发现TDCIPP具有刺激性神经毒素,会破坏细胞凋亡与细胞增殖之间的内部稳态。高浓度的TDCIPP可通过直接磷酸化关键蛋白或其上游信号通路导致转录、能量代谢、细胞凋亡和增殖等过程发生异常。

文章解读链接:项目文章J Hazard Mater(IF 14)| 烟台海岸带所利用蛋白组+磷酸化修饰组学揭示TDCIPP在牡蛎中的毒理学效应

 

# 07

文献名称The potential role of plasma membrane proteins in response to Zn stress in rice roots based on iTRAQ and PRM under low Cd condition

发表期刊:Journal of Hazardous Materials

影响因子:14.224

合作单位:中国水稻研究所

中科新生命提供的服务内容:iTRAQ蛋白质组学+PRM靶向定量蛋白组学

主要内容:本文利用相对定量蛋白质组学和PRM靶向验证在蛋白质水平揭示了胁迫响应中Zn/Cd相互作用和跨膜转运机制,并找到了与水稻根系重金属摄取和转运相关的潜在靶蛋白。本研究为水稻根系重金属胁迫反应蛋白生物标志物的筛选及抗重金属胁迫的解毒机理提供了基础数据参考。

文章解读链接:项目文章J Hazard Mater(IF 14)| 中国水稻研究所采用蛋白组+PRM验证探究水稻耐重金属胁迫的分子机制

 

# 08

文献名称SPINDLY interacts with EIN2 to facilitate ethylene signaling‐mediated fruit ripening in tomato

发表期刊:Plant Biotechnology Journal

影响因子:13.263

合作单位:浙江大学

中科新生命提供的服务内容:O-GlcNAc糖基化修饰组学

主要内容:研究发现SlSPY通过其糖基转移酶功能参与番茄果实成熟,且SlSPY诱导的果实成熟与对乙烯反应的增加有关。在机制研究中发现SlSPY与SlEIN2相互作用,从而促进果实成熟。此外,SlSPY可以稳定SIEIN2蛋白水平的表达和核积累。该研究为SlSPY在调节果实成熟中的独特作用提供了新的见解,并提示O-GlcNAc糖基化在乙烯信号通路中发挥关键作用。

文章解读链接:O-糖基化修饰项目文章二连发(IF>10)| 浙江大学喻景权院士团队同期发表两篇O-GlcNAc相关高分文章

 

# 09

文献名称An integrated multi-omics approach revealed the regulation of melatonin on age-dependent mitochondrial function impair and lipid dyshomeostasis in mice hippocampus

发表期刊:Pharmacological Research

影响因子:10.334

合作单位:沈阳药科大学

中科新生命提供的服务内容:DIA蛋白组学

主要内容:该研究利用DIA蛋白组等技术,研究褪黑素对大脑衰老的影响,发现褪黑素可以通过调节大脑能量代谢和脂质代谢减缓与年龄相关的大脑衰退过程。

文章解读链接:项目文章Pharmacol Res(IF 10)| 褪黑素可减缓大脑衰退!沈阳药科大学利用DIA蛋白组揭示褪黑素的保健功能机制

 

# 10

文献名称SEC1‐C3H39 module fine‐tunes cold tolerance by mediating its target mRNAs degradation in tomato

发表期刊:New Phytologist

影响因子:10.323

合作单位:浙江大学

中科新生命提供的服务内容:O-GlcNAc糖基化修饰组学

主要内容:在本研究中,作者发现了一个负向调节植物耐寒性的冷诱导基因SlC3H39,它可通过与冷响应基因的3'UTR结合,调控番茄的耐寒性,并诱导mRNA降解。此外,研究发现SlC3H39与SlSEC1与结合,并被SISEC1介导发生O-GlcNAc糖基化修饰,提高自身稳定性,从而介导植物的耐寒性。综上所述,我们的研究结果揭示了番茄耐寒性的转录后调控机制,并阐明了SlSEC1-SlC3H39模块在调节冷信号中的作用。

文章解读链接:O-糖基化修饰项目文章二连发(IF>10)| 浙江大学喻景权院士团队同期发表两篇O-GlcNAc相关高分文章

 

# 11

文献名称HDAC6-dependent deacetylation of AKAP12 dictates its ubiquitination and promotes colon cancer metastasis

发表期刊:Cancer Letters

影响因子:9.756

合作单位:天津医科大学肿瘤医院

中科新生命提供的服务内容:乙酰化修饰组学

主要内容:本文通过乙酰化修饰组学、蛋白免疫印迹等技术方法,研究表明AKAP12是HDAC6新的相互作用物和底物,并揭示了一种新的机制,即HDAC6通过调节 AKAP12去乙酰化以及泛素化介导的降解来促进结肠癌转移。

文章解读链接:项目文章Cancer Lett (IF 9.756) | 天津医科大学肿瘤医院通过乙酰化修饰组学探秘结肠癌转移新机制

 

# 12

文献名称RING‐box proteins regulate leaf senescence and stomatal closure via repression of ABA transporter gene ABCG40

发表期刊:Journal of Integrative Plant Biology

影响因子:9.106

合作单位:浙江大学

中科新生命提供的服务内容:泛素化修饰蛋白质组学

主要内容:文章通过转录组学及修饰蛋白质组学,研究发现了两种未被鉴定的RING-box蛋白,衰老泛素连接酶1和2 (ULS1和ULS2),并证明其在ABA信号反馈抑制中作为ABCG40依赖的ABA转运负调控因子,控制叶片衰老和气孔关闭,这对ABA转运调控及其对叶片衰老影响的理解提供了帮助。

文章解读链接:项目文章J Integr Plant Biol(IF 9.1)| 浙江大学丁忠杰教授团队通过泛素化修饰组揭示植物叶片衰老新机制

 

# 13

文献名称CALCIUM-DEPENDENT PROTEIN KINASE38 regulates flowering time and common cutworm resistance in soybean

发表期刊:Plant Physiology

影响因子:8.005

合作单位:南京农业大学

中科新生命提供的服务内容:磷酸化蛋白质组

主要内容:本研究利用基因编辑、磷酸化修饰组学、代谢组学等分析证实钙依赖性蛋白激酶GmCDPK38在协调大豆开花时间调节和抗虫性方面起着双重作用。GmCDPK38在野生大豆中具有丰富的遗传多样性,可能是在大豆驯化过程中选择的。

文章解读链接:项目文章Plant Physiol (IF 8.34)| 喻德跃教授团队采用磷酸化组揭秘大豆开花和抗虫之间的协调关系

 

02代谢及脂质篇

# 01

文献名称Thrombin induces ACSL4-dependent ferroptosis during cerebral ischemia/reperfusion

发表期刊:Signal Transduction and Targeted Therapy

影响因子:38.104

合作单位:四川大学

中科新生命提供的服务内容:脂质组学

主要内容:该研究发现凝血酶通过ACSL4促进缺血性脑卒中后诱导的细胞铁死亡过程,通过抑制该通路可能为治疗提供新的途径。本研究首次阐明了凝血酶在细胞铁死亡中的作用,并且证明了铁死亡过程在缺血性疾病中的重要性。通过蛋白质组学、脂质组学和免疫化学,作者发现凝血酶及其在AA代谢中的下游因子ACSL4,是参与急性缺血性脑损伤中导致细胞铁死亡的关键蛋白,从而对缺血性脑卒中驱动铁死亡的生物学机制有了更新的认识。

文章解读链接:项目文章STTT(IF 38)| 四川大学雷鹏教授团队利用脂质组+蛋白组揭示凝血酶调控卒中引起的神经元铁死亡机制

 

# 02

文献名称Gut microbiome dysbiosis contributes to abdominal aortic aneurysm by promoting neutrophil extracellular trap formation

发表期刊:Cell Host & Microbe

影响因子:31.316

合作单位:山东大学齐鲁医院/山东省立医院

中科新生命提供的服务内容:非靶代谢组学+靶向短链脂肪酸

主要内容:文章通过16S多样性、宏基因组与代谢组学技术联合,发现AAA患者肠道微生物组成存在明显异常,如Roseburia intestinalis丰度在患者中下降。代谢谱在健康个体和患者中也有明显改变,如丁酸含量降低、几种短链脂肪酸(SCFAs)的水平显著升高。为了研究其中机制,还进行了粪菌移植(FMT)和体内外功能实验,验证与AAA病情发展密切相关。另外,中性粒细胞耗竭能显著减轻移植AAA患者粪便的AAA小鼠的病情。

文章解读链接:项目文章Cell Host Microbe(IF 31)| 齐鲁医院&山东省立医院利用多组学揭示肠道微生物群失调加重腹主动脉瘤

 

# 03

文献名称Glucosylated nanoparticles for the oral delivery of antibiotics to the proximal small intestine protect mice from gut dysbiosis

发表期刊:Nature Biomedical Engineering

影响因子:29.234

合作单位:中国科学技术大学

中科新生命提供的服务内容:靶向胆汁酸代谢组

主要内容:该文开发了一种新型口服抗生素递送载体-糖基化修饰的阳离子纳米颗粒(PGNPs),结合测序、胆汁酸靶向代谢组、分子实验等技术证实了口服PGNPs包裹的抗生素可显著降低对小鼠肠道微生物群的不利影响,降低抗生素相关菌群失调的疾病风险和抗生素耐药基因在菌群中的积累,该研究具有重要的临床转化潜力。

文章解读链接:项目文章NBE(IF 29)| 中科大朱书/王育才教授团队开发新型口服抗生素递送载体,有效避免肠道菌群失衡

 

# 04

文献名称Gut microbiota regulates acute myeloid leukaemia via alteration of intestinal barrier function mediated by butyrate

发表期刊:Nature Communications

影响因子:17.694

合作单位:山东大学齐鲁医院

中科新生命提供的服务内容:非靶向代谢组+靶向短链脂肪酸代谢组

主要内容:该文主要利用16S rRNA测序和代谢组学技术,并结合体内体外实验揭示了肠道菌群以代谢物依赖的方式促进AML进展,为AML的靶向治疗提供了新的思路和方法。

文章解读链接:项目文章Nat Commun (IF 17.694) | 多组学助力肠道菌群在急性髓系白血病中的作用机制研究

 

# 05

文献名称Multi-omics analysis reveals the molecular responses of Torreya grandis shoots to nanoplastic pollutant

发表期刊:Journal of Hazardous Materials

影响因子:14.224

合作单位:浙江农林大学

中科新生命提供的服务内容:植物代谢组

主要内容:该文使用植物代谢组、蛋白组、转录组、microRNA测序等技术系统地研究了聚苯乙烯纳米塑料(PSNPs)对香榧(中国特有经济树种)幼苗的潜在毒性机制,为纳米塑料对森林植物生长的影响提供了新的见解。

文章解读链接:项目文章J Hazard Mater(IF 10.588)| 多组学分析揭示香榧幼苗对纳米塑料污染物的分子响应机制

 

# 06

文献名称Response mechanism of psychrotolerant Bacillus cereus D2 towards Ni (II) toxicity and involvement of amino acids in Ni (II) toxicity reduction

发表期刊:Journal of Hazardous Materials

影响因子:14.224

合作单位:吉林农业大学

中科新生命提供的服务内容:非靶代谢组学

主要内容:Ni (II)毒性严重影响菌株D2的生长、形态、细胞周期和代谢产物。代谢组学研究发现氨基酸合成的变化与Ni (II)对菌株D2的毒性有关。外源添加Glu、IIe、His、Met和Asp可以缓解Ni对菌株D2细胞的毒性,说明氨基酸在提高菌株对Ni (II)毒性的抵抗力方面起着重要作用,为开发对Ni (II)毒性更耐受的生物修复菌株提供了基础。

文章解读链接:项目文章J Hazard Mater(14.2)| 吉林农大利用代谢组学揭示耐寒蜡样芽孢杆菌D2对Ni (II)毒性的响应机制

 

# 07

文献名称Cadmium perturbed metabolomics signature in pancreatic beta cells correlates with disturbed metabolite profile in human urine

发表期刊:Environment International

影响因子:13.352

合作单位:浙江大学

中科新生命提供的服务内容:非靶代谢组学

主要内容:本文通过非靶向代谢组学在多层次上描绘了镉暴露对机体代谢的影响,在亚细胞器水平上挖掘与描绘了镉暴露的代谢毒性,并提出了尿液中相关代谢物的含量检测可以作为检测镉暴露对机体代谢毒性的一种手段。这一工作首次揭示了镉诱导的代谢紊乱在胰岛β细胞功能障碍中的重要作用,强调了从人群水平控制镉暴露降低糖尿病发病风险的重要性。

文章解读链接:项目文章Environ Int(IF 9.6)| 首次揭示镉扰乱胰岛β细胞代谢与人体尿液代谢紊乱的关联

 

# 08

文献名称Dietary intake of deuterium oxide decrases cochlear metabolism and oxidative stress levels in a mouse model of age-related hearing loss

发表期刊:Redox Biology

影响因子:10.787

合作单位:上海交通大学医学院附属新华医院

中科新生命提供的服务内容:代谢流

主要内容:ARHL是一种具有多种因素的复杂疾病,研究者报告了膳食添加D2O抑制了内源性氧化应激的产生,减少了Nrf2/HO-1/谷胱甘肽轴的激活。代谢流分析表明D2O减缓了葡萄糖和氨基酸等营养物质的消耗,并在一定程度上延缓与衰老有关的代谢过程。D2O补充剂可以通过减缓内耳代谢速度和减少内源性氧化应激的产生来减少小鼠模型中ARHL的进展。抗氧化基因表达的降低表明,D2O可能绕过Nrf2/HO-1/谷胱甘肽轴,直接抑制耳蜗内部ROS的产生,最终减少ARHL小鼠的听力障碍。本研究为ARHL的临床治疗提供了新的思路。

文章解读链接:项目文章RB(IF 10.787) | 上海交通大学医学院附属新华医院杨军教授团队利用代谢流技术揭示老年性耳聋新机制

 

# 09

文献名称Moderate heart rate reduction promotes cardiac regeneration through stimulation of the metabolic pattern switch

发表期刊:Cell Reports

影响因子:9.995

合作单位:中山大学

中科新生命提供的服务内容:非靶代谢组学

主要内容:心脏损伤后大量心肌细胞丢失和随后的纤维化导致心力衰竭和突发心脏病死亡。本研究整合转录组,代谢流以及非靶代谢组学技术探讨降低心率促进心机损伤后心脏再生修复的分子机制。通过多组学研究发现,适度心率降低可通过糖代谢酶发挥非酶活性促进诱导心肌细胞细胞周期重新进入,启动细胞周期蛋白转录,同时还激活代谢功能,为增殖细胞提供能量。本研究发现适度心率降低是一种体外和体内诱导心肌细胞增殖的方法,这为心脏疾病的临床治疗提供了新的思路。

文章解读链接:项目文章Cell Reports (IF 9.995) | 中山大学蔡卫斌教授团队揭示适度降低心率促进心肌再生机制

 

# 10

文献名称Effects of different feeding regimes on muscle metabolism and its association with meat quality of Tibetan sheep

发表期刊:Food Chemistry

影响因子:9.231

合作单位:青海大学

中科新生命提供的服务内容:非靶向代谢组+靶向代谢组(氨基酸、脂肪酸)

主要内容:文章结合非靶向代谢组和靶向代谢组技术研究了两种饲养方式下藏羊肌肉代谢的差异,并与肉质表型数据进行相关性分析,从而有助于阐述两种饲养方式下藏羊肉质的差异。

文章解读链接:项目文章Food Chem (IF 9.231) | 青海大学利用非靶+靶向代谢组学研究不同饲养方式对藏羊肌肉品质的影响

 

# 11

文献名称Investigation of oyster Crassostrea gigas lipid profile from three sea areas of China based on non-targeted lipidomics for their geographic region traceability

发表期刊:Food Chemistry

影响因子:9.231

合作单位:海南大学

中科新生命提供的服务内容:脂质组绝对定量

主要内容:文章采用脂质组学方法研究了中国不同纬度三个海域的长牡蛎脂质分布情况,结果发现存在明显差异。YS组长牡蛎的脂质含量最高,包括三酰基甘油、二酰基甘油,大多数的磷脂分子种类,而ECS组长牡蛎的磷脂酰胆碱种类居多,SCS组长牡蛎的鞘脂种类居多。进一步筛选出45种脂质分子可作为不同海域长牡蛎脂质的鉴别标志物。表明脂质组学可作为一种鉴别海洋贝类脂质性状的潜在方法。

文章解读链接:项目文章Food Chemistry (IF 7.514) | 脂质组学助力长牡蛎地理溯源研究

 

03高通量测序篇

# 01

文献名称Nanoparticle-enhanced radiotherapy synergizes with PD-L1 blockade to limit post-surgical cancer recurrence and metastasis

发表期刊:Nature Communications

影响因子:17.694

合作单位:复旦大学附属中山医院

中科新生命提供的服务内容:转录组学

主要内容:该研究运用转录组测序(中科新生命提供服务)和免疫相关实验数据研究了外科手术(SR)对肿瘤微环境(TME)的生物学效应和分子机制,并针对性开发了一种放射免疫疗法——使用放射免疫刺激纳米药物(IPI549@HMP)结合放疗(RT)并与aPD-L1联用,为术后癌症复发和转移的治疗干预提供了新策略。

文章解读链接:项目文章 | 转录组测序助力徐辉雄教授团队最新成果登陆Nature Communication

 

# 02

文献名称Lithocholic acid inhibits dendritic cell activation by reducing intracellular glutathione via TGR5 signaling

发表期刊:International Journal of Biological Sciences

影响因子:10.75

合作单位:重庆医科大学附属第一医院

中科新生命提供的服务内容:转录组学

主要内容:本文利用转录组测序、qPCR、ELISA和Western blot等技术对BAs调节DCs的功能机制进行研究,发现石胆酸(LCA)能通过激活TGR5信号来抑制DCs中谷胱甘肽(GSH)的产生并诱导氧化应激反应,下调NF-κB和MAPK途径,从而抑制骨髓源性DCs(BMDCs)促炎细胞因子的产生并可导致DCs的凋亡和自噬。此外,本研究还发现LCA和TGR5激动剂可能是治疗自身免疫性葡萄膜炎的潜在药物。

文章解读链接:项目文章 | 转录组测序助力免疫性葡萄膜炎中胆汁酸调控树突状细胞功能机制研究

 

04多组学联合篇

 

# 01

文献名称High-protein diet prevents fat mass increase after dieting by counteracting Lactobacillus-enhanced lipid absorption

发表期刊:Nature Metabolism

影响因子:19.865

合作单位:中国科学院上海营养与健康研究所

中科新生命提供的服务内容:非靶代谢组+靶向胆汁酸+16S微生物多样性

主要内容:该研究设计了10种节食方式,结合多组学技术探讨了节食后再进食对体脂量的影响以及节食后进行高蛋白(HP)饮食的预防效果。结果表明通过高蛋白饮食或抗生素处理靶向作用肠道乳酸杆菌来抑制肠道中的脂质吸收可能是预防节食后肥胖的有效策略。

文章解读链接:项目文章Nat Metab (IF 19.865) | 节食减肥易反弹?中科院团队新研究带您了解背后的机制

 

# 02

文献名称Targeting FAPα-expressing hepatic stellate cells overcomes resistance to anti-angiogenics in colorectal cancer liver metastasis models

发表期刊:Journal of Clinical Investigation

影响因子:19.456

合作单位:暨南大学

中科新生命提供的服务内容:转录组学+TMT蛋白质组学

主要内容:本文通过运用转录组学和蛋白质组学技术进行前期数据探索性挖掘,并结合细胞和分子生物学技术揭示了贝伐单抗耐药的肿瘤细胞高表达FGFBP1 ,并通过FGFBP1-FGF2-FGFR1-ERK1/2-EGR1通路诱导HSCs中FAPα蛋白的表达,FAPα进而促进HSCs中CXCL5的分泌后激活CXCR2来增强MDSC的浸润和肿瘤细胞EMT,最终促进血管选定。此外,用FAPα激活的前药物Z-GP-DAVLBH靶向FAPα+HSCs有效地克服了血管选定介导的CRCLM对抗血管生成治疗的耐药性,提供了潜在的治疗策略和药物候选。

文章解读链接:项目文章JCI(IF 19.5)| 暨南大学张冬梅教授团队利用转录+蛋白联合解析结直肠癌肝转移药物耐药新机制

 

# 03

文献名称Multi-roles of nanoscale bismuth metal-organic frameworks: Infectious photoacoustic probe and inhibitor of antibiotics tolerant bacteria via targeting endogenous H2S

发表期刊:Nano Today

影响因子:18.962

合作单位:上海交通大学医学院附属第九人民医院

中科新生命提供的服务内容:TMT蛋白质组+代谢组

主要内容:本研究合成了一种靶向耐受金黄色葡萄球菌的治疗性抗生素增强剂,通过体内外实验证实,其可有效下调细菌细胞内H2S水平,根除耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染,防止感染复发。此外,又通过多组学分析深入揭示了Bi-MOF治疗耐受菌的全景和其抗菌作用背后的详细机制。

文章解读链接:项目文章Nano Today(IF 18.962)| 汤亭亭&杨盛兵团队通过多组学揭秘Bi-MOF通过光声技术可实现感染早期诊断

 

# 04

文献名称Seasonal variations and feedback from microplastics and cadmium on soil organisms in agricultural fields

发表期刊:Environment International

影响因子:13.352

合作单位:南京大学

中科新生命提供的服务内容:16S rDNA多样性测序+非靶向代谢组学+靶向代谢组学

主要内容:本文通过对无锡太湖农田污染物微塑料和Cd季节性变化的研究发现,春季和冬季采样点的微塑料丰度不同,但两者间尺寸大小分布类似,来源于地膜覆盖的聚乙烯是主要的微塑料类型。原位蚯蚓对土壤微塑料污染的反应表明微塑料可作为载体,将土壤环境中的重金属转移并在生物体内富集。16S rRNA测序和代谢组学的结果表明,微塑料-重金属污染土壤可导致原位蚯蚓肠道细菌群落结构失调和能量代谢失衡。这些研究结果对土壤生态系统中微塑料和重金属污染物共存的潜在风险进行了综合评价,对维护土壤生态安全具有重要作用。

文章解读链接:项目文章 | 16S+代谢助力客户土壤污染研究登陆环境科学顶刊

 

# 05

文献名称Secreted MUP1 that reduced under ER stress attenuates ER stress induced insulin resistance through suppressing protein synthesis in hepatocytes

发表期刊:Pharmacological Research

影响因子:10.334

合作单位:中山大学附属第三医院

中科新生命提供的服务内容:转录组+蛋白组

主要内容:该研究利用转录组和蛋白组数据分析揭示了MUP1减轻肝脏内质网应激的关键作用,重组MUP1或其潜在衍生物可能是缓解NAFLD的一个有效的治疗靶点。

文章解读链接:项目文章Pharmacol Res(IF 10)|中山大学附属第三医院利用转录组和蛋白组分析揭示MUP1减轻内质网应激的关键作用

 

# 06

文献名称circPRKAA1 activates a Ku80/Ku70/SREBP-1 axis driving de novo fatty acid synthesis in cancer cells

发表期刊:Cell Reports

影响因子:9.995

合作单位:中国科学技术大学

中科新生命提供的服务内容:靶向胆汁酸+蛋白组学

主要内容:本文证明了circPRKAA1通过与Ku蛋白相互作用促进mSREBP-1稳定性和转录活性的机制和作用。circPRKAA1有助于脂肪酸的从头生物合成,表明circPRKAA1是AMPK调控肿瘤细胞脂质代谢重编程的重要组成部分。circPRKAA1升高可能在HCC中起肿瘤启动子作用,靶向circPRKAA1可能为HCC提供新的治疗机会,此项研究具有重要的理论和临床意义。

文章解读链接:项目文章Cell Rep (IF=9.995) | 中国科学技术大学等团队发现circPRKAA1调控脂肪酸代谢的新机制

 

# 07

文献名称OTUB2 exerts tumor-suppressive roles via STAT1-mediated CALML3 activation and increased phosphatidylserine synthesis

发表期刊:Cell Reports

影响因子:9.995

合作单位:中国医学科学院/北京协和医学院

中科新生命提供的服务内容:转录组+蛋白组+代谢组

主要内容:本文章利用多组学整合分析系统的研究了OTUB2在上消化道鳞状细胞癌中的重要抑癌功能,并发现该功能是通过促进转录因子STAT1的磷酸化及二聚体形成进而激活CALML3转录而实现的。其中磷脂酰丝氨酸合成增加是介导OTUB2抑癌功能的关键代谢事件,并且临床前研究结果提示口服磷脂酰丝氨酸可能会为抑制上消化道鳞状细胞癌的发生带来帮助。

文章解读链接:项目文章Cell Rep |中国医科院刘芝华教授团队利用三组学联合分析揭示OTUB2/STAT1/CALML3/PS轴的抑癌机制

 

# 08

文献名称EGFR tyrosine kinase activity and Rab GTPases coordinate EGFR trafficking to regulate macrophage activation in sepsis

发表期刊:Cell Death & Disease

影响因子:9.685

合作单位:广东医科大学附属医院/解放军南部战区总医院

中科新生命提供的服务内容:磷酸化修饰组+非靶向代谢组

主要内容:该研究发现在LPS作用下,巨噬细胞表面EGFR的表达增强。然后通过磷酸化修饰组和代谢组学等方法揭示了EGFR的整个细胞转运过程,包括质膜易位、早期内化和晚期内吞,以及调控这些过程的特异性Rab蛋白的分子机制。此外,作者还发现细胞表面EGFR水平调节巨噬细胞M1/M2极化表型转化,并通过代谢重编程影响脓毒症诱导的多器官损伤。该研究为EGFR作为脓毒症治疗的潜在靶点提供了有力的证据。

文章解读链接:项目文章CDD(IF 9.68) | 唐靖/刘志峰团队合作利用磷酸化组和代谢组揭示脓毒症中EGFR胞内转运机制

 

# 09

文献名称SEMA7AR148W mutation promotes lipid accumulation and NAFLD progression via increased localization on the hepatocyte surface

发表期刊:JCI insight

影响因子:9.484

合作单位:陆军军医大学第一附属医院(又名西南医院)

中科新生命提供的服务内容:TMT蛋白组学+脂质组学+靶向代谢组(中长链脂肪酸)

主要内容:本项目利用蛋白质组学和靶向代谢组学技术研究了Sema7aR145W 突变(相当于人类 SEMA7AR148W)造成小鼠肝脏的脂质沉积的分子机制,表明SEMA7AR148W 突变是 NAFLD 的重要的遗传决定因素,并通过增强蛋白激酶 C(PKC-α)信号传导引起小鼠肝内脂滴积聚。针对肝脏 中PKC-α 信号的靶向抑制,有望成为新的 NAFLD 疗法。

文章解读链接:项目文章JCI insight | 西南医院采用蛋白代谢多组学揭示SEMA7AR148W突变促进NAFLD疾病发展的分子机制


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