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讲座:学会使用Mascot进行TopDown蛋白质数据分析

浏览次数:2216 发布日期:2024-1-17  来源:本站 本站原创,转载请注明出处

讲座背景:

蛋白质质谱法是指使用质谱法对蛋白质进行研究和表征,包括蛋白质的定量、分析、相互作用作图和翻译后修饰的鉴定。蛋白质质谱法也可以称为基于质谱的蛋白质组学。基于质谱的蛋白质组学包括三种方法:自上而下(top-down,TD)、自中而下(middle-down,MD)和自下而上(bottom-up,BU)的蛋白质组学:

Mascot是一个基于HTTP网络服务的平台,支持用户从本地或在线提交任意数量的谱图进行搜库鉴定和定量分析。其由Server、Distiller与Daemon 组成,其中Server负责执行核心搜索、Distiller负责峰提取与定量分析,而Daemon作为操作平台,整合前两个板块,以便更高效地进行批量处理。

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(来源于:https://www.rapidnovor.com/what-is-protein-mass-spectrometry/)

本次讲座聚焦于TD蛋白质组学的数据分析。TD技术以完整蛋白质为对象,"上"指准确测定分子质量,"下"通过串联质谱实现碎裂。TD法产生的质谱数据复杂,包含高电荷、大质量离子碎片,碎片重叠增加,修饰位点更多,不同修饰组合导致蛋白质变体预测增多。相较于BU肽段的数据处理,完整蛋白质的谱图更为复杂,数据处理更具挑战。

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(来源于SUN Rui-Xiang, LUO Lan, CHI Hao, LIU Chao, HE Si-Min. Top-down Proteomics:The Large-scale Proteoform Identification[J]. Progress in Biochemistry and Biophysics, 2015, 42(2): 101-114)

Mascot的特殊版本"Mascot Top Down"限制在110kDa,自动用于母离子质量大于16kDa的搜索,小于16kDa的自下而上搜索不受影响。康昱盛是Mascot在中国的独家代理与技术支持机构,本期康昱盛将分享Top-Down蛋白质组学数据策略,包括数据上传、峰提取参数、搜索参数设置和结果导出,助您熟练运用Mascot软件解决Top-Down蛋白质组学挑战。

讲座时间:

1月24日(周三)14:30-15:20

讲座详情:

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上期讲座《一节课让你学会使用Mascot进行基础蛋白质定量分析》已经同步上传至康昱盛同名B站以及视频号。

此外,我们计划在2月中下旬举办第四次Mascot培训,重点介绍如何联用Mascot-Scaffold系列软件进行蛋白质数据质控分析。感兴趣的朋友们,请持续关注康昱盛官方公众号获取更多信息!

报名方式:

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关于本次会议的任何问题可联系康昱盛官方客服:

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相关公司:上海康昱盛信息科技有限公司
联系电话:021-54975000
E-mail:marketing@cloudscientific.com


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