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用户专访:OT-2在单细胞RNA测序文库制备中的应用

浏览次数:2347 发布日期:2024-1-15  来源:本站 本站原创,转载请注明出处
单细胞 RNA 测序能够以单细胞为单位进行转录组学分析,这项研究可以让我们进一步了解一些稀有且贵重的细胞群。尽管单细胞RNA测序技术的使用越来越广泛,但这项技术的成本仍然相当昂贵。除了测序平台和每次单独运行的成本外,文库制备步骤既昂贵又费力。然而,把文库制备步骤进行自动化可以有效减少实验结果的变异性,同时节约研究人员的宝贵时间,解放他们的双手,让科研人员能有更多时间用来来设计实验或分析数据。
目前,市面上能实现单细胞RNA测序的自动化文库制备成本高达 260,000 美元,昂贵的成本已经超出了市面上大部分小型研究实验室的预算。

 
为了向更多实验室提供这项自动化技术,Retro Biosciences 成功“破解”了 Opentrons 的 OT-2 自动化移液平台,使其能够实现自动化文库制备功能,同时成本仅为 26,000 美元!节约了10倍的启动成本。
今天本期我们将为大家带来我们的客户合作案例:Retro Biosciences 在OT-2上进行单细胞RNA测序自动化文库制备。
 
▲Retro Bio 使用OT-2 进行单细胞测序文库制备 
(图片由 Retro Biosciences 的 Ben 提供)
 
专访客户介绍
Retro Biosciences 是一家位于加州的生物医药公司,专注于血浆疗法、细胞重编程和细胞自噬研究。


 
问:请简单介绍一下Retro Biosciences 公司?
答:Retro Biosciences 的成立最初是一家临床治疗药物研发公司,后来主要业务是开发预防性药物来解决细胞衰老问题。
大多数研究衰老的生物学公司都专注于单一的衰老机制,而 Retro Biosciences 是一家多项目公司,我们努力探索的三种疗法有:细胞重编程、自噬和血浆启发疗法。
我们了解到医院接待的病人中有 80% 以上的疾病负担源自于衰老机制,因此我们希望找到能直接解决这些问题的疗法,帮助更多病人。
 
问:自动化如何帮助您实现目标?
答:机器自动化是不知疲倦的,可以持续性工作,同时自动化的效率显著超越人工。
我们正在探索未知的生物学,其中一些探索涉及到的参数以及参数组合非常广泛,如果继续让科研人员使用手动的方式进行实验,我认为这是对研究者科学头脑的一种浪费。
 
问:您为自动化单细胞RNA测序的文库制备创建了一个非常酷且非常实惠的解决方案。请告诉我们您创造这个方案的初衷,以及您是如何做到的?
答:文库制备对我们来说是一个入门项目。自动化的最大优势是你可以将那些固有的、大量重复的、最不希望出错的环节自动运作起来,节约时间,减少人工失误。
我们在这里做了很多单细胞RNA测序。每一次测序我们需要面临的分析和研究任务都很重,因此我们必须开发新的软件功能(例如液位特定移液)和硬件功能(例如改进的磁珠分离系统),它使我们能够直观地审查协议中的所有步骤,以发现错误并验证质量。
 
问:您在 Github 上发表了这项工作,引发了不错的反响, 您为什么决定公开这项工作?
答:对我们来说,在广泛的生物学研究中降低科研成本对社会的好处,远远超过了我们对同行的竞争关系的狭隘担忧。我们希望有更多从事同类研究的科研者可以从自动化中获益。
 
总结
Retro Biosciences 通过展示Opentrons开源自动化移液系统创造了属于自己的单细胞测序文库制备自动化流程,帮助了更多研究单细胞测序的实验室能够启动自动化,提升他们的研究效率。
我们的开源自动化程序可以通过编程来完成研究人员需要的任何事情,同时把成本控制在较低的范围内。我们被 Retro Biosciences 引领的创新所震撼,期待他们未来的持续创新。
相关公司:合创生物工程(深圳)有限公司
联系电话:0755-26417273
E-mail:marketing.china@opentrons.com


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