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第三期SBC单细胞转录组测序与生信分析培训通知
点击次数:1251 发布日期:2021-5-11  来源:本站 本站原创,转载请注明出处
第三期SBC单细胞及空间转录组测序研究策略与生信分析培训通知
 
单细胞转录组测序和空间转录组测序技术正处于蓬勃发展期,在现有的高通量检测技术领域为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。单细胞转录组测序技术能够提供每个细胞详实的转录表达信息,但是缺失来源组织的空间组成信息。空间转录组测序技术的特点在于提供完整的组织空间位置信息,但是每个捕获spot信息无法达到单细胞分辨率(10个左右细胞)。因此,两个技术的结合应用是必然的发展趋势。
 
上海生物芯片有限公司(生物芯片上海国家工程研究中心)(以下简称SBC)是国内最早一批搭建10x Genomics单细胞测序平台及开发完善空间转录组测序技术并开展相关技术服务的公司之一。作为生物芯片上海国家工程研究中心的依托单位,在搭建先进技术平台的同时,融入再次创新开发和应用,目前已为复旦大学、上海交通大学、同济大学、上海中医药大学、中国科技大学、华东理工大学以及瑞金医院、华山医院、仁济医院、东方医院、第十人民医院、长征医院、胸科医院、肺科医院等多家知名院校单位提供单细胞测序及空间测序技术服务,积累了丰富的单细胞悬液制备和空间组织优化实验经验,包括较难处理的滑膜、软骨、肝癌、人淋巴结等,同样也积累了丰富的数据分析经验。
 
结合去年两期“单细胞及空间转录组测序培训班”学员的反馈和建议,本次第三期培训的生信分析内容将更加丰富,具体参见课程表。诚挚邀请各位老师报名参加,培训为小班制(限额20人,以汇款凭证为准,报满截止)。
 
主办单位:
上海生物芯片有限公司(生物芯片上海国家工程研究中心)
上海市生物化学与分子生物学学会
培训日期:2021年6月4日-5日
培训地点:上海市浦东新区张江高科李冰路151号1号楼
 
课程安排:
日期 时间 题目 主要内容
6月4日
第一天
09:00-09:20 签到、领取资料
09:20-09:30 开课致辞
09:30-10:30 单细胞测序及单细胞多组学研究策略及前沿进展 单细胞测序技术的发展;
10x Genomic单细胞测序原理;
样本准备注意事项及前沿应用介绍
10:30-11:30 空间转录组测序研究进展及注意事项 空间转录组技术进展;
10x空间转录组测序平台介绍;
空间转录组测序样本准备注意事项;
空间转录组应用介绍
11:30-12:30 午 餐
13:00-13:45 R语言基础 基本概念:向量、数组和矩阵、函数;
数据导入、编辑、数据结构转换;
文件图表生成、导出
13:45-14:30 R语言进阶 统计检验,差异基因计算
14:30-15:00 实验室参观、茶歇交流
15:00-16:00 样本准备及注意事项 单细胞样本准备及常见问题,Demo实验
空间转录组样本准备及常见问题,Demo实验
16:00-17:00 ggplot2作图详解 柱状图、饼图、boxplot、小提琴图、密度曲线图,散点图,差异基因可视化(火山图)等
6月5日
第二天
09:30-10:30 单细胞转录组数据分析介绍与上机实操 基于cell ranger 、Loupe
10:30-11:15 单细胞转录组数据多样本比较分析介绍与上机实操 基于Seurat包
11:15-11:45 单细胞RNA测序数据的聚类工具比较介绍  
11:45-13:00 午 餐
13:00-14:20 空间转录组数据分析介绍与上机实操 基于space ranger、Loupe
14:20-15:00 单细胞拟时序分析 1、Monocle的原理算法介绍;
2、高分文章案例数据集作图:拟时序分析等
15:00-15:10 茶歇交流
15:10-15:50 scanpy进行单细胞数据分析 基于 Python 分析单细胞数据:预处理,可视化,聚类,拟时序分析和差异表达分析等
15:50-16:20 细胞类型注释 SingleR的分析使用和库的整理解读
16:20-16:30 颁发培训证书
费用及优惠
1、培训费用
两天培训课程费用为3800元/人,包含培训费、资料费、培训期间午餐费。
产生的其他食宿交通费用等请自理。
2、报名优惠:
· 所产生的培训费用可在后续订购SBC服务产品时抵扣等额的合同款项(每份服务合同只能抵扣一人次),有效期至2021年12月31日为止。
· 团体报名(同一单位2人及以上)享受9折优惠
· 上海市生物化学与分子生物学学会会员可享受8折优惠(需在报名页填写学会会员号)。
3、其他说明
· 以汇款凭证(截图、扫描件)或实际到款为成功报名
· 学员需自己携带笔记本电脑参加上机课程(电脑配置及软件要求:报名成功后通知)。
· 早晚餐、交通及住宿等其他费用请自理。
 
报名方式:
请扫码报名,或点击此处填写报名信息。本次培训班限额20名,报名截止日期2021年5月25日,报满将提前截止。
 
汇款信息:(汇款时请注明:培训+姓名)
名称:上海生物芯片有限公司
开户行:中国银行上海浦东分行
账号:4572 5921 5312
 
交通信息
培训地点:上海市李冰路151号1号楼
交通线路:地铁2号线金科路站或张江高科站换乘公交1090路、1113路李冰路爱迪生路站


报名咨询:
电话:400-100-2131(周一至周五9:00-17:00);138 1640 6711
邮箱:marketing@shbiochip.com
相关公司:上海生物芯片有限公司
联系电话:400-100-2131
E-mail:marketing@shbiochip.com


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