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深蓝云助力法国Stilla发布新冠病毒数字PCR数据
点击次数:227 发布日期:2020-3-26  来源:本站 本站原创,转载请注明出处

中法联合开发即用型三通道数字PCR新冠病毒核酸检测方案抗击全球新冠疫情。日前,Stilla Technologies发布:基于3色NaicaTM微滴芯片式数字PCR的2019-nCoV新冠病毒的核酸检测方案,并公布该解决方案的性能数据,此方案由法国Stilla Technologies、艾普拜生物科技(苏州)有限公司和我司北京深蓝云生物科技有限公司共同开发完成。


 

Stilla Technologies公司发布信息原文链接:

https://www.stillatechnologies.com/a-3-color-crystal-digital-pcr-kit-for-detection-of-covid-19/

北京深蓝云生物科技有限公司发布信息链接:

http://www.cycloudbio.com/product/36748.html

 

北京深蓝云生物科技有限公司作为Stilla Technologies中国技术示范与服务中心,给出如下中文翻译:


▶  一步式RT-dPCR方法2019-nCoV
 

(COVID-19)核酸检测试剂盒说明
 

2019-nCoV(COVID-19)新冠病毒已被世界卫生组织宣布为国际关注的突发公共卫生事件。为了促进卫生当局的行动,开发可靠的检测试剂至关重要。
 

苏州艾普拜生物(位于江苏医疗器械科技产业园)利用已公开的2019-nCoV和其他SARS相关的病毒序列,以及特异性检测2019-nCoV的PCR检测方法(Chan et al.,2020),开发基于3色NaicaTM微滴芯片式数字PCR平台的2019-nCoV(COVID-19)一步法RT-digital PCR的核酸检测试剂盒(图1),利用FAM标记探针检测2019-nCoV(COVID-19)新冠病毒RNA正链的ORF1ab基因、HEX标记探针检测N基因、CY5标记的内参基因(人类看家基因),可同时检测两个独立的2019-nCoV(COVID-19)新冠病毒序列,同时可监控RNA样本质量和PCR扩增的有效性(图2)。


 

图1:即用型2019-nCoV(COVID-19)一步法RT-digital PCR的核酸检测试剂盒,包含在NaicaTM微滴芯片式数字PCR平台使用的全部试剂。(* 仅供科研使用)

 

图2:NaicaTM  Crystal Miner分析软件自动生成的2D(左),3D点图(右)和微滴原始图像。检测样本为试剂盒的阳性对照。
 

FAM和HEX标记的探针特异地靶向2019-nCoV(COVID-19)基因组的ORF1ab和N基因,Cy5标记的探针检测人类看家基因。
 

阈值线由Crystal Miner软件自动生成,也可参照试剂盒说明书设定。

 

 2019-nCoV检测的特异性和灵敏度
 

以1ng人类RNA为背景,将合成的2019-nCoV(COVID-19)靶标序列连续稀释七个点进行检测并重复三次。结果表明,在所有测试样本中,2019-nCoV(COVID-19)的ORF1ab基因(FAM)从80个拷贝到5个拷贝,N基因(HEX)从120个拷贝到7个拷贝均能检测到。对样本进一步稀释,上述两种基因在每25µl反应中可检测到2个拷贝。(图3)同时以人RNA为阴性对照(15个孔)进行检测,无假阳性结果。


图3:2019-nCoV(COVID-19)一步法RT-digital PCR核酸检测试剂盒的灵敏度评测。
 

检测在1ng人类RNA背景下合成的2019-nCoV(COVID-19)靶标序列的系列稀释液。

竖线表示置信度为95%时平均值的置信区间。

空圆圈表示未检测到2019-nCoV(COVID-19)。

 

 应用亮点
 

★ 2019-nCoV(COVID-19)一步法RT-digital PCR的核酸检测试剂盒是即用型核酸检测试剂盒,在一个反应中即可完成两个2019-nCoV(COVID-19)靶标序列进行绝对定量检测,同时检测内参基因监控RNA样本质量和PCR扩增有效性。

★ 使用NaicaTM微滴芯片式数字PCR平台进行的2019-nCoV(COVID-19)靶标序列进行特异性和灵敏度检测,可观察到低至5个拷贝的ORF1ab基因和7个拷贝的N基因。

★以人RNA为阴性对照,15个样本均未观察到假阳性。




 

【参考资料】

1. Chan JF, Yip CC, To KK, Tang TH, Wong SC, Leung KH, Fung AY, Ng AC, Zou Z, Tsoi HW, Choi GK, Tam AR, Cheng VC, Chan KH, Tsang OT, Yuen KY. Improved molecular diagnosis of COVID-19 by the novel, highly sensitive and specific COVID-19-RdRp/Hel real-time reverse transcription-polymerase chain reaction assay validated in vitro and with clinical specimens. J Clin Microbiol. 2020 Mar 4.

2. Stilla Technologies. A 3-color Crystal Digital PCR kit for detection of COVID-19. 

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