原定于2013年8月26-29号开展的“生物信息学首选语言--Perl语言零基础培训班”现改在9月15-18号开班。谢谢!
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日期 |
时间 |
授课题目 |
授课内容 |
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第一天 |
09:30-10:00 |
生物信息学与Perl语言概述 |
概括介绍生物信息学背景与Perl语言的概念及特点 |
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10:00-10:20 |
软件安装与运行环境调试 |
Perl语言解释器、编辑器安装,Perl程序运行测试 | |
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10:20-12:00 |
基本操作与基本概念 |
DOS、Unix命令行操作基本命令;Perl语言基本变量与操作符 | |
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13:30-16:00 |
基本变量 |
变量、字符串赋值、基本运算等练习 | |
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第二天 |
09:30-12:00 |
基本语法结构 |
判断结构;循环结构;练习 |
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13:30-16:00 |
数组及应用 |
数组的概念及用法;练习 | |
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第三天 |
09:30-11:00 |
文件与文件夹操作 |
文件的读入与输入;文件夹操作;练习 |
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11:00-12:00 |
二维数组与hash表及应用 |
二维数组概念、关联数组(hash表)概念及用法;练习 | |
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13:30-16:00 |
常用函数及子程序 |
常用Perl语言基础函数学习;子程序概念与应用;练习 | |
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第四天 |
09:30-12:00 |
正则表达式及生物信息学Perl程序实例 |
Perl特色功能正则表达式学习与应用;生物信息学实例程序学习;练习 |
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13:30-16:00 |
Bioperl简介、CPAN简介、常用生物信息学数据库与软件简介 |
Bioperl简介与安装;Perl第三方代码库CPAN简介;常用生物信息学数据库简介、数据类型与应用;常用生物信息学软件数据格式及软件应用简介 | |
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授课实例 |
1、生物学数据文件批量的合并、分隔、去冗余等。
2、生物信息序列数据fastq、fasta、genbank文件等格式转换与批量自动化处理。
3、按个性化实验需求,从生物信息学数据库文件(如genbank、EMBL)中批量自动化提取特定数据信息。
4、表格矩阵型数据的行列转换、特定数据信息的自动化过滤与数据筛选等。
5、二代测序原始数据的批量过滤处理,如barcode识别、质量值过滤等。
6、基因、蛋白质序列特定位点的识别,如起始、终止位点、ORF、motif、CDS等。
7、生物信息学数据序列特征提取与自动化统计,如GC百分含量、k-mer统计、基因反向互补转换等。
8、生物信息学数据库文件的批量自动化下载与信息提取(选学)。 | ||
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培训班类型:(可多选) |
□实用生物信息学培训班 □论文发表所需的图表处理实用技能
□生物信息与宏基因组分析专题研讨班 □Perl语言专题班
□实用生物信息技术及应用(罗静初教授主讲) | ||||||||||||||||
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姓名: |
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职称: |
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身份证号 |
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工作单位: |
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住宿: |
是□;否□ | ||||||||||||||
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研究方向: |
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报名时间: |
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手机: |
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E-mail: |
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报名种类: |
A□ B□ (该选项仅报名生物信息培训班人员填写) | ||||||||||||||||
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对课程了解情况 |
☆☆☆☆☆ |
感兴趣的课程: |
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信息渠道: |
□中心主页 □邮件宣传(张利英、员丽丽)□海报 □单页 □销售员 □丁香园 □生物论坛 □生物通邮件、主页 □朋友推荐 | ||||||||||||||||
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发票抬头: |
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发票内容: |
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住宿明细 |
入住时间:
离店时间: |
房间类型 |
□大床间
□标准间(和 合住)
□拼房(与其他学员拼标准间) | ||||||||||||||
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备注: |
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原通知:
生物信息学首选语言--Perl语言零基础培训班通知