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人机大战(下):NGS序列捕获大比拼
点击次数:4752 发布日期:2016-5-19  来源:esco
 
空白在二代测序(NGS)过程中,构建基因文库和目的序列捕获富集是制约测序进程的瓶颈。上期我们介绍了针对于建库工作的自动化解决方案,这里我们针对靶序列捕获富集,提供自动化解决方案。

空白近几年来,第二代测序逐渐向提高通量和降低费用的方向发展。为了节省分析时间,找到经济合算的方法,罗氏诊断开发了SeqCapEZ捕获试剂盒,允许用户富集所感兴趣的区域或者全外显子组。但是二代测序是一项非常耗时耗力的工作,常常要耗费专业的技术人员4天的工作时间来完成。而且测序过程中的一些重要的注意事项也要求技术人员在整个操作过程中要保持高度集中精力,比如捕获目标序列,加热试剂盒样品,孵育时间的控制等。

空白受到这些限制,将序列捕获自动化就成为大多数实验室的需求。法国罗氏诊断公司与专业的自动化平台生产商派玛·迪格(PrimaDiag)公司合作,为罗氏NimbleGen外显子捕获测序产品提供自动化解决方案 — ACSIA NGScapture自动化捕获系统。ACSIA NGScapture系统适用于罗氏NimbleGen SeqCap Enrichment System的所有测序产品。

空白ACSIA NGScapture自动化捕获系统使用PrimaDiag公司的创新专利技术APIM自动处理磁珠,控制温度精准到0.1℃,震荡速度从200到3000rpm可调,在磁珠捕获和洗涤阶段,自动完成加热洗液、洗涤磁珠,孵育和震荡的操作。

空白ACSIA NGScapture系统使用灵活,易于操作,用户可以根据需要定义样本数。所有的液体参数都经过精心优化,使得建库所使用的实际试剂消耗达到最小,而优化的操作步骤也允许使用最少的枪头数来完成整个建库工作,大大节约试剂和耗材成本。例如使用罗氏的SeqCap EZ kit,做48个反应,ACSIA NGScapture系统只需要3盒枪头,而人工完成则需要9盒枪头之多,是自动化操作使用数量的3倍

空白罗氏NimbleGen的序列捕获试剂盒已经在ACSIA NGScapture系统上进行了验证,做了步骤优化,预设了运行程序,因此,使用ACSIA NGScapture自动化平台捕获目的序列,只需要打开预设的方法,输入样本数,点击OK就可以了。

空白比较ACSIA和人工捕获效果,测序结果显示通过两种操作方式捕获的18个基因覆盖深度是相似的,ACSIA自动操作(蓝色)捕获的基因测序覆盖深度甚至略好与人工操作(红色)。见图一。

空白ACSIA NGScapture自动化捕获系统,灵活简单的操作,高质量的捕获效果,真正实现轻松完成NGS实验。
 
图 1: Depth of coverage of 18 captured genes of samples prepared on ACSIA (blue) and manually (red)
 
 
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