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NGS基因文库构建大比拼:人机大战
点击次数:5089 发布日期:2016-4-15  来源:伯齐科技
 

随着测序技术的发展,科学界也开始越来越多地应用测序技术来解决生物学问题。在过去的十年里,新一代测序技术—第二代测序(NGS)迅猛发展,越来越多测序实验室的采用NGS技术作为测序主要手段。而且NGS高通量的特点,使之成为研究DNA和RNA的主要工具。

在NGS过程中,构建基因文库是整个测序进程中第一个步骤,也是最为关键步骤,基因文库的质量直接影响后续的测序工作。虽然二代测序技术发展迅速,但是基因文库的构建仍然是一项十分耗费时间以及重复性高的工作,需要熟练的科研技术人员在整个操作过程中保持需高度注意力,花费5个小时甚至更多的时间才能完成建库工作。

为了减轻测序工作人员负担,解放双手,法国罗氏诊断公司与派玛·迪格(PrimaDiag)公司宣布合作,开发了ACSIA NGSLibPrep自动化移液工作站,为罗氏提供的建库产品提供自动化解决方案,将繁琐冗长的建库工作自动化。

派玛·迪格公司成立于法国,专注于科学和医学生物领域,针对生物学特别是分子生物学领域的各种需要的自动化操作工作,创新研制简单但强大的自动化平台。

ACSIA NGSLibPrep全自动建库系统移液精准,重复性高,在建库过程中避免了任何人为误差,从而提高文库的质量。罗氏诊断公司提供建库用的KAPA建库试剂盒在这个平台上能实现完全自动化,不需要任何人工参与。所以使用ACSIA NGSLibPrep进行建库工作是一种非常经济合算的方法。Kapa Biosystems和罗氏NimbleGen的建库操作步骤都在ACSIA NGSLibPrep自动化平台上进行了步骤优化,预设了运行程序,因此,使用ACSIA NGSLibPrep自动化平台构建基因文库,只需要打开预设的方法,输入样本数,点击OK就可以了。人工完成建库长达5小时的工作,用ACSIA平台只需要人工操作15分钟,其他的都由ACSIA平台代替完成。

ACSIA NGSLibPrep平台使用了派玛.迪格公司的创新专利技术APIM(感应磁化吸引技术),根据需求通电或断电产生磁力去极化,无需转移微孔板就可以对磁珠进行吸引和释放,实现磁珠零残留。此外,ACSIA NGSLibPrep全自动建库系统上可以配置市场上供应的任何类型的微孔板和深孔板。所有的液体参数经过精心优化,系统设有专利的SMT智能省枪头系统,可在没有交叉污染的情况下重复使用枪头。这使得建库所使用的实际试剂消耗达到最小,而优化的操作步骤也允许使用最少的枪头数来完成整个建库工作,大大节约试剂和耗材成本。在ACSIA NGSLibPrep平台上构建48个DNA文库仅需要3盒枪头,而人工操作使用的枪头数会达到14盒之多;处理每个样品平均使用的枪头数从人工完成所需要的28个降到了6个,大大节省了枪头成本。比较ACSIA和人工建立的文库质量,使用ACSIA处理样本,得到的样本浓度更加均一,变异系数小。(见图1)

除了罗氏和Kapa Biosystems试剂,派玛.廸格已先后跟多个NGS试剂厂家合作,并进行优化,包括Illumina、NEB、安捷伦等。所以,ACSIA NGSLibPrep全自动建库系统已内置各试剂厂家的优化实验程序,用户只需在平台上放好试剂,打开相对应的试剂程序,需入样本数量,系统便会全自动地把工作完成。真正轻松进行NGS实验!!

 
图1展示的是用KAPA建库试剂盒,使用ACSIA自动化平台和人工操作平行处理12个样本,自动化平台建库的到的样本浓度范围从22.93~27.83 ng/μL,变异系数是1.25,人工建库的到的样本浓度范围是22.52 t~ 47.73 ng/μL,变异系数是8.29。
 
 
Figure 1: Variation of concentration between 12 samples prepared on ACSIA (blue) and manually (red)

 
待续...........NGS人机大战(下集):NGS文库捕获大比拼
 
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