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ChemAxon化学信息管理软件
ChemAxon化学信息管理软件
英文名称:ChemAxon总访问:2766
国产/进口:进口半年访问:94
产地/品牌:ChemAxon产品类别:生物信息软件
型       号:JChem for Office; Instant JChem最后更新:2018-5-31
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销售商: 上海康昱盛信息科技有限公司 查看该公司所有产品 >>
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  • 公司简介

药化领域的研发人员,在每天的日常工作中需要不停的和化学结构打交道,以期找到有前途的药物先导化合物。ChemAxon提供的化学信息管理软件JChem for Office, Instant JChem和Compound Registration化合物注册系统,为药物化学科学家提供了一套最先进的药物研发信息管理解决方案,来推动更智能、更快、更有效的先导化合物发现流程。

JChem for Office:在Office中处理化学结构

在Microsoft Office环境中整合化学结构的处理和展示功能,让研发人员可以在各种Office文档中方便的进行化学结构的操作,支持化合物设计和研发报告的编辑。功能包包括发展成熟的整合Excel的JChem for Excle。通过JChem for Office,化学智能可以随时应用在Office应用程序中,化学结构的处理在电子表单、Word文档、PowerPoint文档和电子邮件中都可得到完全的支持。上千的化学结构记录可以快速导入并浏览,在Office不同应用间快速复制/粘贴化学结构都可得到稳定的支持。更高级的功能包括:基于化学结构的计算,R-group结构解析,化合物库列举等。

Office环境中可编辑的化学结构

JChem for Office提供了与MS Office的广泛整合,让用户能够在Office文档中添加化学结构并进行基于结构的计算。用户可以轻松的在电子表格中导入化学结构并进行编辑,准备报告并计算化学属性。

没有JChem for Office软件许可的情况下

在没有安装JChem for Office的情况下,普通MS Office用户可以读取通过JChem for Office产生的Word 文档,PowerPoint文档和通过JChem for Outlook发出的邮件。JChem for Excel产生的文件,没有软件许可的用户也可以读取,但是必须安装JChem for Office应用程序。

在MS Office不同应用间复制/粘贴化学结构

通过ChemAxon软件用户可以复制化学结构到任何Office程序中。而且用户通过Excel进行的有条件的格式化,也可以在复制到Power Point或者Word文档的过程中保留下来。

连接其他的应用程序

JChem for Office 与ChemAxon的其他应用程序可以无缝连接使用。如果用户同时使用Instant JChem企业版应用程序,那用户可以在IJC中选择数据和项目,并传递到Office文档中。KNIME和Pipeline Pilot都有相关组件可以批量处理JChem for Excel文档。

导入/导出化学结构

JChem for Office具有多样化的文件导入、导出功能,能够识别各种化学文件格式(sdf,rdf,IUPAC名称,Smiles, MRV等),并能处理更大容量的数据,例如数千条包含化学结构和相关数据的记录可以轻松导入、管理或者浏览。

从文档中提取化学结构

ChemAxon Document to Structure 技术与JChem for Office紧密的进行了整合,用户可以从文档中将化合物名称或者化学结构提取到Excel当中,转换为可编辑的化学结构。D2S可处理PDF, TXT, HTML, XML, MS Office documents (DOC, DOCX, PPT, PPTX, XLS, XLSX), OpenOffice ODT 等各种格式的文件。

从不同的数据库导入

JChem for Excel可以连接到不同的数据库引擎,例如Oracle或者MySQL。导入数据时用户可以通过化学结构检索或者数据检索对数据进行筛选,从而只有筛选得到的数据将被导入Excel表格,而不是整个数据库。

将ID号与化学结构进行关联

企业内部通常通过化合物ID号对化合物进行引用,然而化学家希望看到实际的化学结构。如果用户的Excel表格中列有化合物ID号,它们对应的化学结构可以从企业数据库中提取出来。化合物ID号也可以在文件导入的过程中来关联化学结构。

JChem for Excel 功能

JChem for Excel的一个突出特点是基于化学结构的计算功能(Calculator Plugins)与Excel自定义函数的深度整合。通过JChem for Excel的计算函数,用户可以在表格中添加物理化学属性,分子描述符和拓扑分析结果作为新的列。跟药物设计相关的一些参数的计算功能,例如Lipinski 类药性,Chemical Terms (一种与Calculator Plugins结合并拓展的语言)等也能够无 缝调用,让用户可以轻松建立含有丰富化学参数的表格。

另一个深度整合的优势是新增或修改化学结构后相关的计算结果会自动进行更新。

化学结构检索

在JChem for Excel的表单中用户可以通过提问化学结构和相关检索条件进行化学结构的检索。相似性结构检索、子结构检索、全结构检索、超结构检索和重复结构检索都可以在JChem for Excel中进行。并且用户可基于之前的检索结果进行二次筛选。化学数据集可以轻松进行拆分并选择性的导出为标准的化学结构文件,导出的文件可以在其他应用程序中进行处理。

对药物化学的支持

通过Excel函数中整合的化学计算功能,在JChem for Excel中可以轻松的进行化合物属性分析。基于化学结构的计算结果可以和实验数据整合在一起,利用Excel的函数和图表进行统计分析和显示。雷达图可以用来显示小批量化合物的特性描述,化合物的分类也可以相同的方式来表现。

 

SAR构效关系表格的产生

R基团结构解析是最常用的产生Markush结构或者SAR (Structure-Activity Relationship)构效关系表格的方法。R基团结构解析是用于寻找中心结构片段(或分子骨架)并识别中心结构片段上各个位置的取代基的特殊子结构检索功能。提问分子结构包括分子骨架和通过R基团表现的取代基和连接位点。产生的R基团结构解析表格可以通过JChem for Excel或Excel本身的函数进一步进行分析,经常出现的取代基对化合物生物活性的贡献可以进行统计分析。

化合物名称转换技术Naming

竞争性分析是药物发现过程中的一个关键环节。研发人员可以将一系列专利文献中的IUPAC化合物名称直接导入JChem for Excel并自动转换为化学结构。IUPAC化合物名称也可以从已有的化合物批量生成并用于专利申请。

虚拟化合物库的产生

JChem for Excel可调用ChemAxon Reactor化合物合成引擎来生成虚拟化合物库。Reactor引擎可以通过JChem for Excel函数在表单中进行调用。通用反应式和反应物可以通过同一个Excel表单或者不同表单进行定义。反应物可以系列或组合的模式提供。产物以及整个反应式都可以进行显示。通过JChem for Excel可以调用ChemAxon的经验智能规则,预测可反应性和选择性。而且用户可以对这些经验智能规则进行调整。

可反应性规则是描述天然反应条件的逻辑运算符,这些条件必须得到满足,否则这个反应就不能发生。选择性规则是数值型化学表达式,可以根据生成几率对产物进行排序。

支持MS Office各种版本

可支持Office 2007, 2010, 2013等各种版本。

 

Instant JChem:收集、浏览并分享化学信息

Instant JChem是为药物化学家设计的化学数据管理桌面工具。通过Instant JChem用户可以建立本地数据库来管理自己的研发数据,包括化学结构,或者连接远程数据库收集、检索、浏览并共享化学结构以及相关的研发数据,而不需要进行额外的系统管理工作。化合物相关的数据包括各种研发数据,如谱图数据,样品库存数据,生测数据等。研发人员可以将化合物所有相关的数据通过Instant JChem进行汇总以便进行综合分析。Instant JChem具有一系列丰富的功能,包括可定制的数据库视图,整合化合物库枚举功能、化合物属性字段的生成,分子描述符与预测数据的生成等。

本地与远程数据库的轻松管理

用户可以在Instant JChem中轻松的建立本地数据库或远程数据库并进行管理。通过本地数据库引擎或者远程企业版数据库(Oracle或者MySQL),上百万的化学结构可以轻松导入数据库并进行管理。

Instant JChem允许用户同时打开并管理多个数据库。除了简单的化学结构,用户还可以在数据库中存放相关的数据、化学反应,甚至是Markush结构。支持数据的相互关联,因此Instant JChem是管理和报告化学和生测数据的十分便捷的工具。

 灵活的数据库导入/导出功能 

化学结构和相关数据可以通过导入/导出向导导入数据库或者从数据库导出。导入数据时可以选择字段并与数据库字段进行映射。除了标准化学结构文件格式(SDF, RDF,SMILES, SMARTS, CDX, SKC, InChI等,Instant JChem还支持MarkushMARC文件格式。

Instant JChem 作为数据浏览工具

在没有Instant JChem软件许可的情况下,Instant JChem也可显示Instant JChem项目中的数据,并提供结构检索和数据显示界面设计功能,但仅限于处理已经存放在Instant JChem本地数据库中的数据。这对于用户与同事共享、传递数据十分方便。

ChemAxon的新一代软件 Plexus Suite提供更多灵活的数据共享功能,让用户可以通过浏览器直接访问化学数据库中的数据内容。Plexus Suite通过十分安全的方式提供Instant JChem数据库中所有数据的访问途径,包括表格数据视图,基于化学结构的预测数据和计算数据,记录列表管理和检索功能等各种功能。

个性化表格视图

表格视图为列表式数据的可视化提供了一个便捷方式。当用户导入数据时,会自动生成一个表格视图,方便用户在浏览数据的同时可以对数据进行编辑。这个视图与数据库中的数据表同步,所以用户对数据所做的任何修改都将自动更新到数据库中。

个性化面板视图

用 户可以通过面板视图建立更复杂的关联不同类别的数据的显示和报告界面。面板视图的设计工具可以轻松设计并排版各种数据显示界面。用户可以在面板上添加数据 显示控件,并将控件与特定数据字段相关联。每个控件都可以调整其大小和位置,用户可以精心调整以满足自己的设计方案。当控件中的数据记录被选中时,相关的 下一级数据可以在另外的控件中进行显示。面板视图也可以进行复制和共享。同时,通过按钮控件用户可以用Groovy脚本自定义数据处理和显示功能。

Structuresearches化学结构检索

用户可以通过提问化学结构结合其他的检索条件在Instant JChem中查询化学结构。相似性结构检索,子结构检索,全结构检索,超结构检索,结构查重等都可在Instant JChem中进行。并且用户可基于之前的检索结果进行二次筛选。结构检索还可以与ChemAxonChemical Terms计算数据的检索相结合。用户还可以通过结构检索操作符来比较两个数据库中的所有数据内容来进行数据重叠分析。联合检索让用户可以同时在多个数据表上进行结构检索。

记录列表和检索条件管理

Instant JChem 提供丰富的记录列表和检索条件管理功能,允许用户保存记录列表和检索条件以便将来重复使用。记录列表可以通过逻辑运算符(AND,OR,NOT等)进行组合,列表中的不同字段可以相互结合或转换。

Standardization标准化

Standardizer是可以将不同来源的化学结构转化为标准展现形式的化学结构标准化工具,可以用于建立化学结构企业内部规则。Standardizer可以自动识别内消旋体,互变异构体,立体异构体和反离子移除。芳香化或结构清理也可以自动应用。通过Instant JChem中的Standardizer向导,用户可以标准化的模式来存放化学结构,这对保证精准的化学结构检索结果十分关键。

支持药物化学的桌面工具

具有合成意义的虚拟化合物库的产生

Instant JChem可调用ChemAxon Reactor化合物合成引擎来生成虚拟化合物库。反应式可从ChemAxon的智能反应库中选取,也可由用户输入。反应物从InstantJChem数据库表格中提取,而产物将写入一个新的数据表。反应物可以系列或组合的模式显示。产物以及整个反应式都可以进行显示。

通过Instant JChem可以调用ChemAxon的经验智能规则,预测可反应性和选择性。而且用户可以对这些经验智能规则进行调整。

可反应性规则是描述天然反应条件的逻辑运算符,这些条件必须得到满足,否则这个反应就不能发生。选择性规则是数值型化学表达式,可以根据生成几率对产物进行排序。通过应用和调整这些规则,用户便可生成具有合成意义的化合物库。

化合物名称结构转换技术

竞争性分析是药物发现过程中的一个关键环节。研发人员可以将一系列专利文献中的IUPAC化合物名称直接导入JChemfor Excel并自动转换为化学结构。IUPAC化合物名称也可以从已有的化合物批量生成并用于专利申请。

快速2D/3D化学结构标准化

通常导入数据库的化学结构的表达方式不是十分标准、准确。用户可通过内置的2D/3D化学结构标准化模块对导入的化学结构进行清理。这个模块可为指定的分子结构生成标准的3D化学结构和构象异构体。3D化学结构构象对化学属性和化学反应有很大的影响,所以药物化学研发人员可以在Instant JChem中对化合物的3D构象快速进行首轮评估,这通常在研发过程中具有十分直观的价值。

理化性质与分子描述符的计算

Instant JChem的一个突出特点是与基于化学结构的计算功能(CalculatorPlugins)的深度整合。用户可以在Instant JChem的表格中添加物理化学属性,分子描述符和拓扑分析结果作为新的列。跟药物设计相关的一些参数的计算功能,例如Lipinski类药性,ChemicalTerms (一种与CalculatorPlugins结合并拓展的语言)等也能够无缝调用,让用户可以轻松建立含有丰富化学参数的表格。另一个深度整合的优势是新增或修改化学结构后相关的计算结果会自动进行更新。

数据分析与可视化

Instant JChem可支持各种图表格式来对数据内容进行深入的图形化显示。产生的图表与检索结果或者所选择的记录完全同步,支持交互式的数据浏览和可视化。

图形化显示数据

Instant JChem提 供丰富的数据视图功能来产生柱状图、散点图、雷达图等各种图表。另外这些工具可以在数据显示面板设计工具中使用,利用化学结构和相关数据的可视化分析,交 互式的图形化显示各个数据点。在视图控件中选中的数据点可以同步显示在面板上其他的控件中,可以快速识别与数据点相关的化学结构。

视图工具与格式的丰富选项

面板分页工具让用户可以设计复杂的面板来显示各种不同类别的数据,例如与某个化合物相关的化学属性和生测数据,如果在同一个面板上显示将不甚明了。

多字段表单工具可以产生一个双字段的表格,第一列显示字段名称,第二列显示字段对应的值。这提供了一个更紧凑的显示数据的方式,并可将相对杂乱的字段分组成多个数据集。树表工具可基于用户选择的数据分类标准对数据类容进行多级分组。

化学结构还可以通过网格工具用更紧凑的矩阵形式进行显示,每个网格中显示一个化学结构。相关的数据字段也可以添加到网格中进行显示,例如用户可以为每个化合物添加相应的化合物ID号。

通过改进的条件格式功能,用户可以通过设置阈值来调整表格的单元格或者面板上控件的背景颜色和数据显示格式。

与Spotfire的整合-强大的数据可视化与统计分析

Instant JChem 与TIBCO Spotfire专业客户端的整合为研发人员快速分析大容量化合物库提供了强大的解决方案。Instant JChem单机版服务器为两个客户端之间流畅的双向数据交流提供支持,通过开放式数据协议语言提供一个灵活的界面。

交互式的数据交流可以无缝的共享化学结构和相关数据,并允许用户对关系型数据模式进行操作。一旦数据导入Spotfire,用户便可利用强大的数据分析和显示工具来处理数据,生成高质量的数据分析报告,或者生成在Instant JChem中随即可视,并可在Instant JChem中进行进一步处理的结果。

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